Postoje tri glavne razlike između područja konvencionalne i alternativne medicine. Konvencionalna medicina se prvenstveno oslanja na studije učinkovitosti na kojima se temelji liječenje, u usporedbi s alternativnim tretmanima koji obično ne zahtijevaju visoke standarde znanstvenih dokaza. Alternativni liječnici obično gledaju na zdravlje pacijenta kao cjelinu kao na osnovu za liječenje, dok konvencionalni medicinski stručnjaci često gledaju samo na problematično područje tijela. Obrazovne kvalifikacije i standardi licenciranja također mogu biti strožiji za konvencionalne liječnike u usporedbi s alternativnim liječnicima.
Konvencionalnu medicinu nazivaju i znanstvenom, zbog načina na koji liječnici biraju odgovarajuće tretmane za pacijenta. Kliničke studije, koje promatraju ljude s određenim problemom i kako im određeni tretman koristi, temelj su konvencionalne medicine. Ova metoda provjere djeluje li liječenje i koliko dobro djeluje, omogućuje liječnicima da odbace tretmane koji nisu učinkoviti i uvedu tretmane koji su korisniji za pacijenta. Konvencionalna i alternativna medicina razlikuju se po tome što, dok alternativni liječnici mogu svoje liječenje staviti kroz proces kliničke studije, to nije bitan dio procesa za odabir liječenja.
Primjeri konvencionalne medicinske prakse uključuju kemoterapiju, operacije i cijepljenje. Alternativni tretmani uključuju akupunkturu, homeopatiju i herbalizam. Alternativne terapije su tehnički one kojima se ljudi odlučuju umjesto konvencionalnog liječenja, dok su komplementarne terapije one za koje se pacijenti odlučuju kao i konvencionalni medicinski tretman.
Jedan od razloga zašto osoba može pogledati konvencionalnu i alternativnu medicinu i izabrati potonju je taj što liječnici prvenstveno gledaju na mjesto problema u tijelu i mogu zanemariti ostatak tijela. Alternativni praktičari obično pokušavaju holistički tretirati cijelo tijelo. To se može bolje uklopiti u duhovni ili filozofski način gledanja na bolest i također može dati pacijentu osjećaj veće kontrole nad svojim tijelom u usporedbi s potencijalno autoritarnijim pristupom konvencionalnog medicinskog stručnjaka. Liječnici konvencionalne i alternativne medicine također se mogu u velikoj mjeri ne slagati oko uzroka bolesti, s tim da se konvencionalni praktičari usredotočuju na znanstvena istraživanja, dok alternativni praktičari mogu raditi na konceptu kao što su energetska polja ili neusklađene skeletne strukture.
Općenito, ako alternativna medicina djeluje učinkovito i može uspješno proći kroz proces kliničke studije, ona postaje dio konvencionalne medicine. Primjer je medicinska marihuana, koja iako ima mjesto u tradicionalnoj biljnoj medicini, nije bila odobreni lijek sve dok nije prošla kliničke studije i postala šire prihvaćena u konvencionalnoj medicini. Kako su konvencionalni medicinski stručnjaci oprezni prema novim tretmanima, dok se ne pokažu sigurnima i učinkovitima, liječnici su skloni vjerovati konvencionalnim lijekovima, a ne alternativnim tretmanima. Potencijalne opasnosti od alternativnih lijekova uključuju trovanje ili tjelesne ozljede, ili ako liječenje uopće ne uspije, pacijent može pretrpjeti nepovratnu štetu koja bi se možda mogla izbjeći brzim konvencionalnim liječenjem. Obično su rizici konvencionalnih opcija dobro poznati, kao i prednosti.
Kako područje alternativne medicine sadrži toliko različitih praksi, koje se često ne temelje na tretmanima koji prolaze stroge kliničke studije, regulacija tog područja od strane državnih tijela može biti nižeg standarda od konvencionalnih liječnika. Obično liječnik ili medicinska sestra u konvencionalnom medicinskom sustavu moraju završiti visok standard obrazovanja i dobiti licencu da bi mogli prakticirati medicinu, dok alternativni liječnik možda uopće ne mora biti u skladu s državnim standardima, već se mora pridržavati postavljenih smjernica od strane industrijskog tijela.