Iako su Linux® i Windows® oba operacijski sustavi dizajnirani za korištenje na osobnom računalu, postoje mnoge razlike između njih. Primarna razlika između Linux® i Windows® je dostupnost koda. Linux® djeluje pod GNU javnom licencom, što znači da je njegov izvorni kod dostupan svakome tko bi ga trebao ispitati ili izmijeniti. Osoba bi na neki način morala biti povezana s Microsoftom, tvrtkom koja proizvodi Windows®, da vidi kod za taj operativni sustav.
Druga ključna razlika između Linux® i Windows® je broj dostupnih verzija. Microsoft je jedina tvrtka koja proizvodi Windows® operativni sustav, dok nekoliko proizvođača proizvodi verzije Linuxa®. Osoba koja odluči instalirati Linux® na svoje računalo može birati između Red Hata, Ubuntua, Debiana i niza drugih tvrtki.
Dostupnost ažuriranja također varira između Linux® i Windows®. Nova verzija Windows® ima tendenciju da izlazi svakih nekoliko godina, jer je Windows 98® zamijenio Windows 95®, a Windows Vista® 2006. zamijenio XP®, koji je objavljen 2001. Nove verzije Linuxa®, poznate kao distribucije, obično izlaziti polugodišnje. Umjesto kupnje potpuno novog operativnog sustava, korisnik Linux® obično može odabrati preuzimanje i instaliranje nove distribucije iz svog upravitelja ažuriranja. Instalacija Linuxa® i njegovih novih distribucija obično je besplatna.
Instaliranje nove distribucije iz upravitelja ažuriranja čuva datoteke i postavke osobe. Osoba koja koristi Windows® i treba nadograditi također obično može sačuvati svoje datoteke i podatke nadogradnjom s jedne verzije na drugu. Međutim, jednostavna nadogradnja nije uvijek moguća. U nekim slučajevima, korisnik će možda morati potpuno deinstalirati stariju verziju sustava Windows®, a zatim instalirati novu, što rezultira gubitkom podataka.
Rukovanje sigurnosnim prijetnjama razlikuje se u Linux® i Windows®. Budući da je Linux® otvorenog koda i svatko može pristupiti kodu kako bi ga popravio, sigurnosni problemi su riješeni, a novi kod se izdaje mnogo redovitije nego za Windows®. Windows® obično mjesečno objavljuje popravke grešaka i sigurnosne zakrpe i obično treba dulje za rješavanje problema. Sporija stopa popravka sigurnosnih kršenja daje hakerima i drugima sa zlonamjernim namjerama veći prozor u kojem mogu napasti računala nesuđenih.
Linux® i Windows® se također razlikuju po načinu na koji prikazuju podatke korisniku. Iako oba operacijska sustava dopuštaju korisniku da bira između sučelja naredbenog retka i onoga što se zove grafičko korisničko sučelje (GUI), sučelje naredbenog retka sadrži samo tekst i može biti poznato korisnicima Windows® kao MS-DOS. GUI je radna površina, sa svojim ikonama i slikama, koja je poznata mnogim korisnicima računala. Linux® obično ima više opcija za svoje korisnike i za GUI i za naredbeni redak.