Postoje dvije primarne skupine bilateralnih (bilateralno simetričnih) životinja: protostomi i deuterostomi. Nazivaju se i superfila, jer svaka sadrži više životinjskih tipova. Deuterostomi su obično složeniji i uključuju bodljokože, poluhordate, hordate (svi kralježnjaci) i nekoliko manjih tipova. Protostomi sadrže praktički sve ostalo, uključujući člankonošce, anelide, plosnate crve, mekušce, itd. Nekoliko malih tipova nije klasificirano ni kao jedno ni drugo. Primarna razlika između ove dvije skupine je kako se razvijaju kao embriji: u protostomama, prvi otvor u embriju postaje usta, a u deuterostomima, on postaje anus.
Većina znanstvenika prepoznaje najmanje tri superfila unutar protostoma — Lophotrochozoa, Edcysozoa i Platyzoa. Ove superfile predložene su 1995., 1997. i 1998. godine, na temelju molekularnih i morfoloških dokaza. Lophotrochozoans (“životinje koje nose grebene”) ujedinjuje prisutnost lofofora, prstena trepavicastih ticala oko njihovih usta, koji se koriste za hvatanje čestica hrane. Lophotrochozoans, koji se ponekad nazivaju i trohozoi, uključuju desetak tipova: Entoprocta, Mollusca, Annelida, Phoronida, Brachiopoda, Nemertea, Chaetognatha, Bryozoa, Myzostomida, Acoela i Gnathostomulida. Većina lofotrohozoa su morski, što ima smisla jer su trepavicasti pipci za hvatanje hrane najkorisniji pod vodom.
Osim lofotrohozoa, još jedna pretežno morska superfila protostoma su platyzoans („ravne životinje“), što uključuje plosnate crve i niz važnih mikroskopskih, planktonskih životinja kao što su rotiferi i gastrotrihi. Platyzoans se razlikuju ili po odsutnosti coeloma (tjelesne šupljine) ili smanjenom coelomu koji se naziva pseudocoel. U prosjeku, platyzoa je najjednostavniji od protostome superphyla, iako se jednostavni organizmi nalaze i među lofotrohozoama. Platyzoans su se prije smatrali pripadnicima Lophotrochozoa, ali većina znanstvenika im sada daje vlastitu skupinu.
Posljednje superfile protostoma su Ecdysozoa, koje se razlikuju po linjanju egzoskeleta (ekdiza). Ecdysozoa je najuspješnija i najraširenija superfila protostome, a uključuje člankonošce (rakovi, insekti, kelicerati i mirijapodi), nematode (okrugle crve), tardigrade, baršunaste crve i nekoliko manjih vrsta. Nematode su jedna od najbrojnijih životinja na Zemlji, nalaze se u svakom zamislivom okruženju, uključujući Antarktik, dok člankonošci sadrže najviše vrsta, vjerojatno preko 7 milijuna, što predstavlja više od 90% cjelokupne životinjske bioraznolikosti na Zemlji. Iako postoje brojni drugi organizmi koji koriste neki oblik ljuske ili vanjske kutikule, Ecdysozoa je očito evolucijski najučinkovitiji.