Metronidazol i klindamicin su antibiotici, ali imaju razlike u načinu djelovanja, nuspojavama i tipovima infekcija koje inače liječe. Iako su oboje antibiotici, metronidazol je učinkovit za infekcije uzrokovane anaerobnim bakterijama i raznim parazitskim protozoama. Klindamicin je učinkovit i za aerobne i za anaerobne bakterijske infekcije i za protozoe koji uzrokuju malariju. Metronidazol ometa određene stanične funkcije, uzrokujući smrt bakterija ili parazita. Klindamicin ne ubija bakterije, nego ih zaustavlja u razmnožavanju.
Oba lijeka dostupna su u oralnim i lokalnim oblicima. Metronidazol dolazi u obliku tableta, kapsula, krema, losiona, gela i injekcijskih oblika. Osim ovih oblika, klindamicin dolazi iu oralnoj suspenziji, lokalnoj pjeni i u otopini za liječenje akni. Kombinacije klindamicina i drugih lijekova također se koriste za liječenje akni.
Klindamicin se propisuje za teške bakterijske infekcije. Ovaj antibiotik liječi infekcije kože, krvi, unutarnjih organa i druge infekcije. Klindamicin se također koristi za zubne infekcije ili za sprječavanje infekcija srca kod određenih pacijenata koji su podvrgnuti stomatološkim zahvatima. Metronidazol se bori protiv anaerobnih bakterijskih infekcija u plućima, crijevima, zglobovima i probavnim organima. Osim toga, koristi se za liječenje bolesti uzrokovanih protozoama kao što su ameba i Giardia.
Nuspojave metronidazola i klindamicina imaju neke sličnosti, ali i nekoliko bitnih razlika. Svi antibiotici mogu uzrokovati poremećaj u korisnoj bakterijskoj flori crijeva. To može dovesti do proljeva i crijevnih grčeva. Klindamicin je, međutim, povezan s teškim crijevnim stanjem uzrokovanim bakterijama otpornim na lijekove. Prekomjerni rast rezistentnih bakterija tijekom i nakon liječenja može dovesti do potencijalno smrtonosnog stanja u rijetkim slučajevima.
I metronidazol i klindamicin obično uzrokuju blagi proljev, mučninu i povraćanje. Nuspojave metronidazola se pogoršavaju upotrebom alkohola i mogu dovesti do teškog mamurluka. Druge uobičajene nuspojave metronidazola uključuju metalni okus u ustima, glavobolju i gubitak apetita. Ljudi ne bi trebali ležati odmah nakon uzimanja klindamicina jer može doći do mučnine, žgaravice ili proljeva. Savjetuje se da pacijenti kažu svojim pružateljima zdravstvenih usluga o svim neuobičajenim ili teškim simptomima dok uzimaju bilo koji lijek.
Najmanje jedna studija je zaključila da metronidazol i klindamicin pokazuju razlike u otpornosti bakterija tijekom liječenja bakterijske vaginoze u žena. Obje studijske skupine koristile su vaginalni pripravak metronidazola ili klindamicina. Istraživači su otkrili da postoji znatno veća otpornost bakterija na klindamicin u žena liječenih od bakterijske vaginoze, osobito nakon tijeka liječenja. Postojala je vrlo niska incidencija rezistencije bakterija na metronidazol. Otkrili su povećanje koncentracije Escherichia coli u skupini liječenoj klindamicinom, ali povećanje korisnog laktobacila u žena liječenih metronidazolom nakon završetka liječenja.