Razlika između nanotehnologije i molekularne nanotehnologije (MNT) je u tome što se prva sada koristi za označavanje bilo koje znanosti koja se bavi česticama nanorazmjera od 1 do 100 nanometara, dok se potonja posebno odnosi na teorije strojeva na nanomjeri sposobnih za izgradnju proizvoda iz atoma. gore, također se naziva molekularna proizvodnja (MM).
Nanometar, koji iznosi milijunti dio milimetra ili milijardu metra, nevjerojatno je mala mjera duljine veličine samo oko pet do sedam atoma. Opći pojam “nanotehnologija” odnosi se na strukture koje se mjere u nanometrima. Bakterija je za usporedbu mnogo veća. Fulereni ili ugljikove nanocijevi, međutim, kako je otkrio Richard Smalley sa Sveučilišta Rice, spadaju u djelokrug nanotehnologije.
Izraz “nanotehnologija” nije se uvijek koristio tako široko. Smislio ga je K. Eric Drexler u svojoj knjizi iz 1986., Motori stvaranja, kako bi se osvrnuo na njegove teorije za molekularnu proizvodnju, slijedeći vizionarske ideje koje je 27 godina ranije iznio slavni fizičar Richard Feynman. Kako su mogućnosti molekularne nanotehnologije rasle i uzbuđenje se stvaralo u znanstvenoj zajednici (situacija koja često dovodi do mogućih bespovratnih sredstava i drugih oblika financiranja), mnogi su istraživači počeli koristiti izraz za svoje vlastite pothvate na nanorazini, nevezane za molekularnu proizvodnju.
Povećavajući moguću zabunu u javnom sektoru, postoje potencijalne koristi i potencijalne opasnosti povezane s nanotehnologijom i molekularnom proizvodnjom, iako se razlikuju. Stoga je Drexler na kraju odlučio dodatno kvalificirati svoje područje znanosti kako bi ga izdvojio.
Druga razlika između ove dvije grane je ta što je nanotehnologija etablirana znanost utoliko što se nanočestice već prodaju u proizvodima; iako neki kritičari tvrde da istraživanja o mogućim opasnostima od nanočestica nisu išla ukorak s marketingom.
S druge strane, molekularna nanotehnologija (MNT/MM) je još uvijek teoretska. Kada se ostvari, spreman je sa sobom donijeti novu tehnološku revoluciju. Nanomedicina, posebna grana MNT-a, mogla bi čak i produžiti ljudski životni vijek iskorjenjivanjem bolesti. MNT također ima potencijalne opasnosti i njegove prednosti i nedostatke se naširoko proučavaju.