Razlika između protozoa i metazoa je u tome što su protozoji jednostanični organizmi dok su metazoji višestanični. Definicija metazoa je relativno jasna za većinu primjera, kao i protozoa, iako oba imaju nejasne rubove. Izraz “protozoa” (što znači “prve životinje”) odnosi se na bilo koji jednostanični organizam nalik životinjama, dok se jednostanični organizmi slični biljkama nazivaju alge. Ali postoje organizmi koji zamagljuju to dvoje: na primjer, alga Dinobryon ima kloroplaste, ali se također može kretati i hraniti se organskom tvari. Mnogi naizgled jednostanični organizmi također se organiziraju u kolonije poput niti ili sferne, kao što su cijanobakterije ili krolofit Volvox.
Pojam “protozoa” u osnovi pokriva svaki jednostanični organizam koji nije životinja, biljka, bakterija ili gljiva. Po definiciji, svaki član kraljevstva Animalia je višestaničan, a drugo ime za kraljevstvo je zapravo Metazoa. Stacionarni fotosintetski jednostanični organizmi dijelom nisu protozoi jer sufiks -zoa znači životinja, a oni očito nisu nimalo slični životinjama. Protozoji su uvijek pokretni, jer nema protozoa koji mogu preživjeti stacionarnim filterskim hranjenjem, za razliku od brojnih životinja kao što su spužve, koralji, školjke, plimeti i brahiopodi koji to čine.
Protozoe su veličine od 10 do 50 mikrona (milijunti dio metra), ali neke vrste su velike i do 1 mm. Metazoansi se kreću od oko 50 mikrona, kao kod najmanjih kopepoda, do plavog kita (34 m ili 111 stopa), meduze s lavljom grivom (36.5 m ili 120 stopa) i crva (55 m ili 180 stopa). Izumrli dinosaur Amphicoelias fragillimus mogao je biti 60 m (197 stopa) ili duži. Dakle, kao što vidimo, najveći metazoa mogu biti i milijun puta veći od tipičnih protozoa, iako je većina metazoa male veličine, manje od mm duljine. Makroskopski metazoani kao što su ljudi su u manjini.
Smatra se da su metazoa evoluirali od protozoa prije otprilike 600 milijuna godina, iako dokazi molekularne sistematike sugeriraju čak i ranije. Kako su prve metazoanske životinje morale biti vrlo male i sastavljene od samo mekog tkiva, ne bi se fosilizirale previše dobro, iako je jedan od najranijih poznatih fosila metazoana, mala sferna životinja po imenu Vernanimalcula guizhouena, bila mekano stvorenje samo 0.1 veličine do 0.2 mm, jedva dovoljno velik da se vidi, i otprilike širine ljudske dlake.