Iako su rootkit i virus obje vrste zlonamjernog softvera ili zlonamjernog softvera, obično se koriste za postizanje različitih svrha u računalnim napadima. Rootkit se obično instalira na računalni sustav kako bi se omogućilo neovlaštenom korisniku da nastavi dobivati pristup tom sustavu ili da bi se sakrila prisutnost i aktivnosti drugih vrsta zlonamjernog softvera. Virusi su, s druge strane, vrste zlonamjernog softvera koji su obično dizajnirani za napad na računalni sustav na vrlo specifičan način i postizanje određenog cilja.
Unatoč činjenici da su rootkit i virus oba oblika zlonamjernog softvera, oni se koriste za postizanje različitih zadataka. Rootkit je zlonamjerni program koji se može instalirati na računalo, na različitim razinama unutar operativnog sustava (OS), a zatim maskirati druge aktivnosti. Ova vrsta programa obično inficira “korijen” OS-a na računalu, otuda i naziv, dopuštajući drugim aktivnostima na tom sustavu koje su potom skrivene rootkitom. Rootkit se često koristi za stvaranje backdoor ulazne točke u računalni sustav koju neovlašteni korisnik može koristiti za pristup tom sustavu u budućnosti ili se može koristiti za skrivanje infekcije virusom ili drugom vrstom zlonamjernog softvera.
Glavna razlika između rootkita i virusa je u tome što virus obično ne radi kako bi sakrio aktivnosti drugih programa ili omogućio pristup sustavu. Virus se obično razvija za postizanje određenog učinka, često pokretanjem napada na određeni računalni sustav. Iako virus može ležati prilično uspavan na računalnom sustavu i ostati skriven, sve dok određeni događaj ne aktivira virus, obično će biti kreiran za pokretanje vrlo specifičnog napada na sustav koji inficira.
Također postoje neke velike razlike u tome kako se rootkit i virus mogu ukloniti iz računalnog sustava ili OS-a. Virusi se često mogu pronaći i ukloniti putem korisnika antivirusnog programa, iako vrlo novi virusi neko vrijeme mogu izbjeći otkrivanje. Rutkit, međutim, može biti vrlo teško pronaći, obično uključuje vrlo razrađene sigurnosne procedure i gotovo ga je nemoguće ukloniti. Tvrdi disk na računalu možda će biti potrebno potpuno izbrisati i ponovno instalirati OS kako bi se uklonio rootkit s računala. U konačnici, međutim, i rootkit i virus mogu biti vrlo destruktivni za računalo i svaki korisnik računala treba uložiti napore da izbjegne bilo koju vrstu zlonamjernog softvera.