I špijunski i virusi oštećuju računalni softver ili datoteke poznate kao zlonamjerni softver, ali se različito šire. Važna razlika između računalnog špijunskog softvera i virusa je u tome što špijunski softver uhodi u računalne aktivnosti, često šaljući informacije o korisniku trećoj strani, dok virus ne. Još jedna bitna razlika je u tome što za razliku od špijunskog softvera, virus često pravi kopije samog sebe i pokušava upotrijebiti jedno računalo za širenje virusa na druge. Iako oboje mogu negativno utjecati na rad računala, špijunski softver rijetko nastoji naštetiti sustavu, dok virusi često uzrokuju mnogo trajniju štetu.
Špijunski softver i virus obično se učitavaju na računalo a da korisnik nije svjestan i pokreću se bez znanja ili pristanka korisnika. Tipičan način isporuke špijunskog softvera je u paketu s drugim datotekama ili programima koje korisnik računala odluči preuzeti. Spyware se ušulja u korisnički sustav zajedno sa željenim materijalom. Virusi se, međutim, najčešće šire kao privici e-pošte ili putem trenutnih poruka, iako se mogu sakriti i u preuzetom materijalu.
Iako oba mogu naštetiti računalu, još jedna razlika između špijunskog softvera i virusa nalazi se u primarnoj svrsi zlonamjernog softvera. Spyware je dizajniran sa svrhom snimanja aktivnosti korisnika računala i prenošenja tih informacija trećoj strani. Može pratiti navike korištenja računala i prenositi informacije oglašivačima i drugima. Druga, opasnija, upotreba može ukrasti privatne podatke poput e-mail adresa, lozinki, brojeva kreditnih kartica i drugih važnih osobnih podataka i prenijeti ih hakeru ili kradljivcu identiteta.
Primarna svrha virusa je da se kopira i širi. Često će se replicirati više puta, čime se koriste resursi računala i uzrokuju neuspjeh sustava. Još jedna uobičajena taktika virusa je pristup adresaru e-pošte korisnika računala i slanje kopija sebe na sve adrese. Također može pokušati upotrijebiti druge metode prijenosa gdje jedno računalo komunicira s drugim, kao što su usluge dijeljenja datoteka i razmjene trenutnih poruka. Špijunski softver ne kopira sebe niti se prenosi na druga računala koristeći zaraženi sustav.
Druga razlika između špijunskog softvera i virusa uključuje namjeru autora. Autor špijunskog softvera obično želi prikupiti informacije koje će se koristiti u različite svrhe. Špijunskom softveru potreban je operativni sustav da bi to postigao, tako da rijetko šteti računalu, iako koristi resurse računala i može ga učiniti sporijim. Virusi su često napisani s destruktivnijim namjerama i često čine računalne sustave i mreže neupotrebljivim. Nakon što se sami šire, virusi često uzrokuju trajna oštećenja operativnog sustava i hardvera.