Štakori i miševi imaju mnogo razlika i sličnosti. Izazovno je odrediti specifična područja razlika i zajedništva budući da postoji niz vrsta obje životinje. Obično se dvije vrste uspoređuju procjenom razlika između kućnih miševa (Mus musculus) i norveških ili crnih štakora (Rattus norvegicus i Rattus rattus). Oni se također mogu zvati kućni štakori ili miševi ili udomaćene verzije svake vrste.
Miševi i štakori se ne mogu križati iako su u srodstvu. Evolucijski biolozi vjeruju da dvije vrste dijele pretka, na isti način na koji su tigrovi i gepardi vjerojatno povezani. Svaka vrsta životinja različito je evoluirala, birajući određene karakteristike za koje se čini da su bile od najveće pomoći u osiguravanju preživljavanja.
Jednostavno s vizualnog stajališta, odmah ćete primijetiti razliku između norveških ili crnih štakora i kućnih miševa. Štakori su mnogo veći. U zrelosti teže oko 12.35-22.93 g i imaju oko 350-650 inča (9-11 cm) duljine tijela. Imaju duge repove, koji su prosječne duljine 22.86 inča (27.94 cm). Repovi su im debeli i teški.
Miš, naprotiv, može imati jednu desetinu težine štakora i teži otprilike 1-1.76 grama (30-50 unci). Miševi su niži, otprilike upola manji od štakora. Imaju prosječnu duljinu tijela od oko 3-4 inča (7.62-10.16 cm), a repovi im mogu biti nešto ravnomjernije izbalansirani s njihovim tijelima, veličine oko 3-4 inča. Mišji repovi su vrlo tanki, a ponekad i jedva primjetni u usporedbi sa mnogo širim i dužim štakorskim repom.
Barem u usporedbi sa štakorima i miševima u gore spomenutim vrstama, uši štakora imaju tendenciju da budu manje u odnosu na njihovu glavu i mogu izgledati veće, s tupijim crtama lica od njihovih dalekih rođaka. Miševi općenito imaju nježne crte lica i šiljatija lica kao štakori. S kromosomskog stajališta, razlike postaju još upečatljivije.
Iako postoji odnos između štakora i miševa, njihove se različite vrste razlikuju na mikroskopskoj razini. Štakori imaju veći broj parova kromosoma, 22, u usporedbi s mišjih 20 parova. Kada se drže zajedno kao kućni ljubimci, mogu stvarati probleme jedni drugima. Štakori mogu ubijati miševe i jesti miševe, najčešće u nepripitomljenim okruženjima, a prisutnost štakora u domu može ozbiljno uznemiriti miša. Mogu se manje razmnožavati ili biti u panici. Ako želite i štakore i miševe kao kućne ljubimce, trebali biste razmisliti o tome da ih držite u odvojenim sobama.
Ako neku životinju razmatrate kao kućnog ljubimca, štakori su obično bolji izbor. Obično su inteligentniji i bolje se slažu s ljudima od miševa. Postoje iznimke, a postoje i divni mišji ljubimci. Ipak, općenito se pokazalo da su štakori bolji i lakše dresirani kućni ljubimci.
Ove razlike između štakora i miševa mogu se mijenjati ovisno o različitim uspoređenim vrstama. Oboje imaju prilično kratak životni vijek u divljini, s oko 70% smrti prije nego što napune godinu dana. U zatočeništvu životni vijek može biti sličan. Miševi bi mogli živjeti dulje, oko pet godina, ali mnogi umiru s dvije do tri godine. Štakori mogu živjeti oko tri-četiri godine u zatočeništvu. Kratak životni vijek ovih životinja možda ih ne čini idealnim kućnim ljubimcima za malu djecu.