Organizacijska struktura reklamne agencije ovisi o različitim čimbenicima, kao što su veličina tvrtke, broj ljudi zaposlenih u tvrtki te količina i vrijednost računa koje je tvrtka stekla. Za većinu trgovina, predsjednik i glavni izvršni direktor (CEO) su na vrhu. Nakon predsjednika, odjeli djeluju po bočnoj shemi jednake važnosti, budući da su svi odjeli međusobno ovisni. Ti su odjeli odvojeni između četiri do pet različitih aspekata oglašavanja, uključujući kreativne odjele i upravitelje računa.
Predsjednik ili izvršni direktor obično je na najvišoj razini organizacijske strukture. On ili ona je odgovoran za upravljanje svakodnevnim poslovanjem agencije i raspoređuje financije. Osim toga, ova osoba pomaže u upravljanju računom, marketingu i strategijama oglašavanja.
Pod CEO-om su upravitelji računa, kreativni odjel, kupci medija te upravljanje prometom ili proizvodnjom. Voditelji računa odgovorni su za dovođenje novih poslova u agenciju. Nakon što je račun uspostavljen, upravitelj računa i klijent dogovaraju se o ciljevima marketinga i oglašavanja. Voditelji računa utvrđuju proračun i rok za završetak projekta.
Autori tekstova i umjetnički direktori su u kreativnom odjelu, i oboje blisko surađuju kako bi razvili uvjerljive i nezaboravne reklamne kampanje. Oni preuzimaju smjernice od upravitelja računa kako bi zadovoljili potrebe klijenata. Kreativni tim odgovoran je za predstavljanje niza ideja od kojih će upravitelji računa birati. Zajedno s upraviteljima računa utvrđuju produkcijski proračun za predložene reklamne ideje i prisutni su na prezentacijama klijenata.
Jedan od najvažnijih odjela u reklamnoj agenciji su kupci medija i tim za upravljanje produkcijom. Kupci medija osiguravaju najbolje cijene za postavljanje oglasa u tisku, medije ili online, te određuju uspjeh oglasa. Tim za upravljanje proizvodnjom odgovoran je za to da svi odjeli budu u skladu s proračunskim smjernicama koje su postavili upravitelji klijenata i računa. Oni osiguravaju da svaka jedinica poštuje rokove i provjerava točnost gotovih oglasa. Osim toga, tim za upravljanje proizvodnjom odgovoran je za sve administrativne dužnosti unutar ureda.
Postoji i treća razina u organizacijskoj strukturi agencije za oglašavanje koju čini pomoćno osoblje, koje je odgovorno za pomoć bilo kojem od ključnih ljudi u drugim odjelima. Svaki odjel ima svoje specijalizirane osobe za podršku za obavljanje određenih zadataka i pomoć u provedbi uspješnih reklamnih kampanja.