Organizacijska struktura sveučilišta odnosi se na hijerarhiju kroz koju se ostvaruje delegiranje odgovornosti. To zaposlenicima i studentima daje osjećaj tko kome odgovara i kome se obratiti ako se pojavi problem. Specifična organizacijska struktura sveučilišta može varirati ovisno o instituciji, iako je u većini slučajeva izvršna razina najviša stepenica na organizacijskoj ljestvici. Ova razina uključuje predsjednika fakulteta ili sveučilišta, kao i kancelara ako postoji, te upravni odbor ako postoji. Ostale pozicije na ovoj razini uključuju rizničare i prorektore, kao i potpredsjednike ili potpredsjednike.
Dok u većini slučajeva postoji samo jedan predsjednik na fakultetu ili sveučilištu, nekoliko potpredsjednika može postojati unutar organizacijske strukture sveučilišta. Ovi potpredsjednici mogu biti odgovorni za širok raspon zadataka na manjim sveučilištima, dok se na mnogo većim sveučilištima mogu baviti samo jednim ili dva specifična područja rada fakulteta. Potpredsjednik za studentska pitanja, na primjer, bavit će se prvenstveno studentskim aktivnostima, problemima, postignućima i proračunskim problemima. Potpredsjednik za financije bavit će se isključivo financijama sveučilišta, a njegova nadležnost može se odnositi na sve odjele unutar sveučilišta.
Akademski dekani su voditelji različitih odjela unutar organizacijske strukture sveučilišta. Odjel za engleski jezik, na primjer, imat će dekana koji u biti upravlja ili na drugi način nadzire sve funkcije tog odjela. Dekan znanosti o životu vodit će poseban odjel u okviru znanosti na sveučilištu, a dekan medicine će nadzirati sve medicinske programe koje nudi sveučilište. Dekan može imati i druge pozicije unutar sveučilišne strukture, iako to nije uobičajeno u nekim školama. Programi također mogu imati dekane suradnike koji odgovaraju dekanu; ti su ljudi odgovorni za pomoć u vođenju odjela i rješavanje bilo kakvih specifičnih problema s kojima se odjel suočava.
Organizacijska struktura sveučilišta može se odatle proširiti na druge programe kao što su atletski programi, održavanje terena, studentska uprava, stambeni odjeli i još mnogo toga. Konkretno mjesto u hijerarhiji ovih pozicija može varirati ovisno o prioritetima određenog sveučilišta. U mnogim slučajevima može doći do reorganizacije kako bi se ponovno odredio prioritet strukture kako bi se sredstva pravilno dodijelila i radni staž pravilno adresiran. Organizacijsko restrukturiranje može biti teško i stresno za sve članove sveučilišne strukture, stoga je često najbolje pronaći sustav koji funkcionira i držati ga se.