Kaspaze su obitelj neaktivnih proenzima koji igraju ključnu ulogu u apoptozi stanica, što je planirana smrt stanica. Uloga kaspaze 3 u apoptozi je cijepati i aktivirati kaspaze 6, 7 i 9 kako bi razbili apoptotske stanice prije uklanjanja. Nakon ovog procesa, protein kaspaze 3 se cijepa i razgrađuje od strane kaspaze 8 i 10, kao i svih neaktivnih proteina kaspaze 9 koji se tek trebaju sami cijepati. Uzastopno cijepanje i aktivacija ovih proteina ključno je za fazu izvršenja unaprijed programirane stanične smrti.
Uloga kaspaze 3 u apoptozi je aktiviranje faza stanične smrti na netraumatičan način. Za razliku od nekroze, što je traumatsko uništavanje stanica, apoptoza je proces kojim se stanice razgrađuju i uništavaju na planiran i kontroliran način kako bi se omogućili različiti rast i razvoj u organizmu. Proces apoptoze razlog je cijepanja prstiju na rukama i nogama u embrionalnoj fazi razvoja organizma. Kontrolirana stanična smrt omogućuje da se znamenke odvoje bez traume. Kaspaza 3 je vitalna za ovaj proces jer omogućuje da proces napreduje u nizu, bez iznenađujućih događaja koji bi inače uzrokovali nepotrebno oštećenje preostalih stanica.
Kada je proces u tijeku, svrha kaspaze 3 u apoptozi je zapravo cijepati ključne stanične proteine. To se postiže kaskadnim učinkom, koji počinje kada receptor smrti koji se temelji na površini stanice prenosi apoptotske signale prethodnim kaspaznim proteinima, aktivirajući ih. Ovi proteini kaspaze aktiviraju sljedeće proteine u slijedu, što na kraju dovodi do efektorske kaspaze, kao što je kaspaza 3. Ove kaspaze su izravno odgovorne za cijepanje staničnih proteina, kao što su proteini citoskeleta, koji dovode do morfoloških promjena, uključujući cijepanje znamenki, što se opaža u stanicama koje prolaze kroz apoptozu.
Vjeruje se da bi uloga kaspaze 3 u apoptozi mogla, kada se bolje razumije, dovesti do boljeg razumijevanja bolesti kao što je Alzheimerova bolest. Kako protein kaspaza 3 cijepa stanice, ponekad može uzrokovati oštećenje dijelova tijela. Istraživanja pokazuju da bi to mogao biti uzrok mentalnih poremećaja. Vjeruje se da će bolje razumijevanje mehanizama kaspaze 3 u apoptozi otkriti kako se ovaj proces događa i može dovesti do liječenja.