Ivermektin za konje jedna je od najučinkovitijih metoda za liječenje i prevenciju parazita. Lijek djeluje u borbi protiv 35 različitih parazitskih organizama, uključujući strongyles, više vrsta crva i botove. Crvi koje može liječiti i kontrolirati uključuju pinworms, plućne gliste i crijevne gliste. Smatra se sigurnim za upotrebu kod svih konja, iako proizvođači ne preporučuju korištenje kod životinja koje su namijenjene za hranu. Ivermektin paralizira neurotransmiter gama-amino-maslačnu kiselinu (GABA) u parazitima. Ova kiselina je jedinstvena za parazitske organizme, pa stoga tipična doza ivermektina neće utjecati na kralježnjake kao što su konji. Može spriječiti nove infekcije od parazita i također djeluje na uništavanje aktivnih infekcija.
Vlasnici mogu kupiti ivermektin za konje u obliku paste. Često se prodaje u plastičnoj štrcaljci, koja će sadržavati dovoljno lijeka za jednog ili više odraslih konja. Za primjenu lijeka, vrh štrcaljke treba umetnuti u usta konja. Pasta se zatim ubrizgava na stražnji dio jezika životinje. Vlasnicima se često savjetuje da nakon toga drže konju podignutu glavu kako ne bi ispljunuli lijek. Smatra se da je vrlo teško izazvati predoziranje kada se koristi ivermektin za konje. Poznato je da životinje unose i do devet puta veću od preporučene doze bez nuspojava. Primjena ivermektina za suzbijanje parazita može početi kada konj ima samo šest do osam tjedana starosti.
Lijek je toliko učinkovit u suzbijanju parazita da veterinari često preporučuju da ga povremeno zamijenite drugom vrstom liječenja. Zabrinutost je da će paraziti na kraju razviti otpornost na ivermektin kod konja, što ga čini neučinkovitim. U isto vrijeme, veterinari upozoravaju na prečesto rotiranje sredstava za uklanjanje glista i kažu da bi to moglo uzrokovati da paraziti razviju otpornost na više lijekova odjednom. Preporučeni način djelovanja je bliska suradnja s veterinarom prilikom primjene programa liječenja dehelmintizacije konja.
Poznato je da upotreba ivermektina za konje povremeno uzrokuje nuspojave. Oteklina i svrbež su se pojavili kod nekih konja nakon što su bili liječeni ivermektinom za mikrofilarije vratoloka. Vjeruje se da su reakcije nastale zbog velikog broja mikrofilarija koje su odumrle odjednom. Ivermektin se smatra iznimno sigurnim za konje, ali ljudi se upozoravaju da peru ruke nakon rukovanja lijekom. Upotrijebljene ivermektinske štrcaljke ne smiju se bacati u izvor vode zbog potencijala da naškode ili ubiju beskralješnjake u vodi.