Dok se probiotici naširoko smatraju korisnim crijevnim bakterijama potrebnim za vitalnost bez toksina, prebiotici su neprobavljivi prehrambeni materijali koji hrane te probiotičke mikroorganizme i promiču njihovu dobrobit. Dostupni u nekim žitaricama i povrću, prebiotici u prehrani mogu potaknuti fermentaciju u probavnom traktu. To pokreće bolju ravnotežu crijevne flore, za koju su studije dokazale da može poboljšati imunitet, olakšati probavne poremećaje, sniziti kolesterol i potencijalno smanjiti mogućnost zaraze rakom debelog crijeva.
Bez prebiotika, probiotske kolonije ne bi uspjele da postanu što je moguće raznolikija vojska mikroorganizama, uključujući nekoliko desetaka vrsta probavnih blagodati poput laktobacila i bifidobakterija. Prebiotici u prehrani služe za aktiviranje i optimizaciju probiotičke aktivnosti. Ti organizmi, s nazivima kao što su oligosaharidi, fruktooligosaharidi (FOS), galaktooligosaharidi (GOS), inulin i oligofruktoza, ljudsko tijelo ne može probaviti.
Da bi se spoj smatrao prebiotikom, mora imati određene karakteristike. Najvažnija od njih je njegova sposobnost da izdrži kiselu prirodu želuca. Nadalje, prebiotici u prehrani moraju podržavati neke ili sve vrste korisne crijevne flore, promicati vitalnost tih organizama kroz selektivnu fermentaciju. Sumnja se da ovo djelovanje pomaže u detoksikaciji crijevnog trakta i oslobađanju potencijalno štetnih patogena.
Probiotici se mogu dodati u prehranu povećanjem unosa jogurta ili, za vegane, druge fermentirane hrane koja ih sadrži — od kiselog povrća i miso juhe do kombucha čaja i zamjene za meso tempeha. Imati prebiotike u prehrani znači dodati i druge vrste namirnica na jelovnik, a to su artičoke, šparoge, cikorija, češnjak, poriluk, zob, luk, soja i pšenica. Oni koji žele optimizirati svoj unos bilo kojeg drugog često se obraćaju dodacima koji se kupuju u trgovini. Mogu se kupiti kao prebiotički kompleks ili kombinacija prebiotika/probiotika. Potrošači se pozivaju da slijede upute proizvođača o pravilnom doziranju.
Prema potrošačkom vodiču iz 2009. Međunarodnog znanstvenog udruženja za probiotike i prebiotike, proučavanje korisnih prebiotika uglavnom je ograničeno na to kako oni stimuliraju djelovanje laktobacila i bifidobakterija u crijevima. Buduća studija će se, međutim, usredotočiti na to kako bi druge vrste prebiotika u prehrani mogle imati koristi za druge vrste korisnih bakterija. Organizacija poziva potrošače da traže potvrđena sredstva za fermentaciju u svim dodacima koje kupuju kao što su inulin, FOS ili GOS. Drugi slabije testirani spojevi mogu biti uključeni u dodatak, ali oni se još uvijek smatraju kandidatima, kao što su palatinoza, polidekstroza i šećerni alkoholi poput maltitola ili sorbitola.