Grlobolja je čest simptom alergija. Mnogi ljudi će osjetiti bolno, svrbež, natečeno grlo dok imaju alergijsku reakciju, iako je veza između alergije i upale grla različita. Izvor reakcije mogu biti iritansi iz okoliša, kao što su pelud ili plijesan; u tim slučajevima, grlobolja je često nusprodukt začepljenosti nosa povezane s napadom. Alergije na hranu također mogu izazvati odgovor u tijelu koji dovodi do upale grla; ova vrsta reakcije obično je izravna posljedica same alergijske reakcije.
Alergije i grlobolja često su povezani zbog zagušenja koja prati reakciju na alergene iz okoliša. Mnogo puta su to sezonske alergije poput peludne groznice, iako drugi nadražujući sastojci poput životinjske peruti, dima cigareta ili zagađenja mogu imati isti učinak. Osobe s ovim vrstama alergija obično imaju začepljenost nosa, što zauzvrat dovodi do oticanja sinusa u stražnji dio grla. Stalna prisutnost ove post-nazalne kapi iritira i upaljuje sluznicu grla. Sve dok začepljenost nosa traje, pacijent će obično i dalje imati upalu grla; ako se ne liječi, kronična kongestija može napredovati do infekcije, što može pogoršati situaciju.
Uz post-nazalno kapanje, drugi učinci začepljenja sinusa mogu nastati zbog alergija, a rezultat može biti upala grla. Ako osoba ne može disati na nos, može biti prisiljena disati na usta, osobito dok spava. Udisanje zraka na ovaj način može isušiti grlo i učiniti ga bolnim. Višak sluzi također može dovesti do kašlja, što može dodatno pogoršati grlo.
Alergije na hranu i grlobolja također često idu zajedno, iako za razliku od okolišnih agenasa, sama alergijska reakcija obično izravno uzrokuje bol. Kada osoba jede hranu na koju je alergična, u tijelu se razvijaju antitijela koja se vežu za stanice koje se nazivaju mastociti. Sljedeći put kada se hrana pojede, ona stupa u interakciju s antitijelima na mastocitima, što zauzvrat potiče mastocite da emitiraju tvari kao što je histamin da napadnu uočenu prijetnju. Budući da su mastociti česti u tkivu grla, a stanice su tamo izložene hrani kada se proguta, grlobolja je često posljedica ove vrste reakcije.