Mnogi ljudi koji su na dijeti izvijestili su o povezanosti između Atkinsove dijete i zatvora, osobito u fazi uvoda dijete. Ova faza traje oko dva tjedna i karakterizira je vrlo nizak unos ugljikohidrata. Svaka promjena prehrambenih navika može dovesti do problema kao što je zatvor, ali kako se tijelo navikne na promjene i nakon faze indukcije je dopušteno više hrane, problem zatvora nije toliko raširen. Postoje strategije koje treba slijediti dok ste na Atkinsovoj dijeti, a zatvor bi se trebao riješiti sam od sebe nakon nekoliko dana ili tjedana.
Zatvor je česta nuspojava mnogih dijeta s niskim udjelom ugljikohidrata. Jedna od kritika Atkinsove dijete je da, u fazi indukcije, osobe na dijeti unose manje od 7% minimalnog dnevnog unosa vlakana. Usredotočenost na visoke razine proteina također može pogoršati vezu između Atkinsove prehrane i zatvora jer visok unos mesa i sira može dovesti do nepravilnosti crijeva.
Tijelo mora imati vlakna kako bi se moglo riješiti otpada. Voće, povrće i proizvodi od cjelovitih žitarica kao što su kruh i žitarice uobičajeni su izvori vlakana u prosječnoj zdravoj prehrani. Preporučenih 21 gram vlakana dnevno može biti prilično teško konzumirati na dijeti s niskim udjelom ugljikohidrata kao što je Atkinsova dijeta i često je rezultat zatvor. U nekim slučajevima problem može postati dovoljno ozbiljan da zahtijeva liječničku pomoć.
Kako biste izbjegli zatvor dok ste na dijeti, potrebno je popiti osam čaša vode jer je nedostatak vode glavni uzrok zatvora. Ako to nema učinka, može pomoći konzumacija dodatnih vlakana kao što su sjemenke lana ili pšenične mekinje. Salate i povrće, posebno zeleno, lisnato povrće kao što su špinat, kupus i brokula, savršeno su prihvatljivi u prehrani u neograničenim količinama, pa će se time što će biti dio većine obroka povećati unos vlakana. Povećanje tjelesne vježbe također bi trebalo pomoći u liječenju zatvora dok ste na Atkinsovoj dijeti. Dodatak vlaknima preporuča se osobito tijekom 1. faze Atkinsove dijete, ili faze indukcije, kako bi se nadoknadio učinak konzumiranja više proteina s malo vlakana.
Ostale nuspojave Atkinsove dijete uključuju umor, vrtoglavicu, glavobolje i slabost, a oni su uglavnom posljedica drastičnog smanjenja ugljikohidrata u ranoj fazi dijete. Atkinsova dijeta se s vremenom promijenila i donekle je ublažila svoj pristup kako bi se riješila zabrinutost i izvješća o nuspojavama. Prije početka ove ili bilo koje druge dijete, preporučuje se konzultacija s liječnikom, osobito ako postoje zdravstveni problemi.