Postoje mnoga pitanja i pitanja o etici genske terapije koja okružuju praksu. Genska terapija uključuje promjene u genetskom profilu osobe, što je poput skupa uputa ili nacrta za tu jedinstvenu osobu. Jedna od etičkih briga uključuje je li moralno ispravno napraviti takve promjene, pogotovo ako one mogu utjecati i na buduće generacije. Ostale brige oko etike genske terapije imaju veze s primjenom tehnike; mnogi smatraju da je prihvatljivo koristiti ga za liječenje štetnih poremećaja, ali ne i za poboljšanje temeljnih osobina osobe. Također postoji zabrinutost u vezi s dostupnošću ovih skupih tretmana i rizikom da oni postanu rezervirani za bogate.
Jedna od glavnih briga oko etike genske terapije odnosi se na postojanje same prakse i je li ona moralno prihvatljiva. Sve vrste genske terapije uključuju trajnu promjenu genetskog profila pojedinca; jedna vrsta koja se zove genska terapija zametne linije omogućuje da se promjene prenesu na potomstvo i buduće generacije. Protivnici prakse izražavaju rezerve u pogledu rizika od nepoznatih dugotrajnih nuspojava i razvojnih problema za buduće generacije i vjeruju da je potrebno više proučavanja prije preuzimanja tih rizika. Neki također dovode u pitanje gensku terapiju na vjerskoj osnovi jer na nju gledaju kao na petljanje u Božji naum. Pobornici genske terapije navode ogroman potencijal za spašavanje života i iskorjenjivanje genetskih poremećaja i čini se da smatraju da su nagrade vrijedne rizika.
Još jedna ozbiljna zabrinutost oko etike genske terapije je da ona ima potencijal zlouporabe. Mnogi se pojedinci slažu da može biti od koristi za liječenje štetnih poremećaja koji mijenjaju život. Međutim, postoji zabrinutost da bi to moglo dovesti do njegove upotrebe za uklanjanje bilo kakve razlike od ideala društva. Neki ljudi su zabrinuti da bi genska terapija mogla biti početak genetskog inženjeringa za stvaranje “savršenog” čovjeka. Druga zabrinutost je potencijalna zlouporaba genske terapije za poboljšanje performansi osobe, čime se mijenjaju sposobnosti poput inteligencije, brzine ili koordinacije. Istraživači i Američko liječničko udruženje slažu se da bi takva uporaba genske terapije bila kršenje etike i da se ne bi smjela dopustiti.
Postoje i problemi oko troškova liječenja vezanih uz etiku genske terapije. S obzirom na eksperimentalnu prirodu genske terapije, ona je vrlo skupa i obično nije pokrivena zdravstvenim osiguranjem. Trošak čini tretmane genskom terapijom nedostižnim za većinu pojedinaca jer je općenito pristupačna samo za vrlo bogate. Postoji zabrinutost da bi genska terapija mogla postati ekskluzivni tretman rezerviran za bogatu elitu, dok bi drugima bio zabranjen pristup. U skladu s liječničkim etičkim kodeksom, mnogi se u medicinskoj zajednici zalažu da ga učine dostupnim svima bez obzira na socioekonomski status.