Mnogi ljudi mogu koristiti blokatore estrogena bez značajnih nuspojava, iako o svim novim ili neugodnim simptomima koji se pojave nakon početka liječenja ovom vrstom lijekova treba razgovarati s liječnikom koji ga je propisao. Neke od najčešćih nuspojava ovih tvari uključuju vrtoglavicu, mučninu i valove vrućine. Dodatne nuspojave ovih lijekova mogu uključivati debljanje, noćno znojenje i promjene u vaginalnom iscjetku. Ozbiljnije nuspojave blokatora estrogena, osobito kada se koriste dulje vrijeme, mogu uključivati razvoj krvnih ugrušaka, alergijske reakcije ili povećan rizik od razvoja raka reproduktivnih organa.
Većina nuspojava blokatora estrogena relativno je blage i mogu se smanjiti tijekom vremena kako se tijelo prilagođava na lijek. Blaga vrtoglavica je česta tegoba, ali ako ovaj simptom postane jak ili je popraćen glavoboljom, potrebno je konzultirati liječnika radi daljnje procjene. Ako se mučnina razvije tijekom primjene ove vrste lijekova, može pomoći da pojedete obrok ili popijete čašu mlijeka prije uzimanja lijeka.
Navali vrućine, noćno znojenje i drugi simptomi slični menopauzi mogu se razviti kada uzimate blokatore estrogena. Oni koji uzimaju ove lijekove prijavili su bol u kostima ili mišićima, debljanje i umor. Kod osoba koje koriste ovu vrstu lijeka može doći do povećanja ili smanjenja vaginalnog sekreta. Iako je većina ovih simptoma blage prirode, ponekad je moguće prilagoditi dozu ako te nuspojave postanu posebno neugodne.
Dugotrajna uporaba blokatora estrogena povećava rizik od razvoja ozbiljnih nuspojava ili potencijalno smrtonosnih komplikacija. Krvni ugrušci se mogu razviti u bilo kojem trenutku tijekom liječenja, ali rizik se dramatično povećava s produženom primjenom ovih lijekova. Također se može pojaviti oblik gubitka koštane mase poznat kao osteoporoza, što dovodi do veće šanse za prijelome. Blokatori estrogena mogu povećati rizik od razvoja raka dojke, raka jajnika ili drugih karcinoma koji utječu na reproduktivni sustav.
Alergijske reakcije na blokatore estrogena su rijetke, iako su moguće, čak i ako su se lijekovi u prošlosti dobro podnosili. Blagi simptomi alergije mogu uključivati blagi kožni osip ili svrbež. Potencijalno po život opasna vrsta alergijske reakcije poznata kao anafilaksija može uzrokovati simptome kao što su oticanje lica ili grla, bol u prsima ili otežano disanje. Ove simptome treba tretirati kao hitnu medicinsku pomoć, a često je potreban prijem u bolnicu kako bi se stabiliziralo zdravlje pacijenta.