Staklenik se može ventilirati na mnogo različitih načina, ali neke metode su učinkovitije od drugih. Najbolji načini ventilacije staklenika omogućuju nježno osvježavanje zraka bez narušavanja nježne vegetacije u unutrašnjosti. Jedna od najjednostavnijih metoda ventilacije je krovni ili zidni ventil koji omogućuje prirodnom povjetarcu da struji kroz strukturu. Ventilacijski otvori koji se automatski otvaraju i zatvaraju također su dobra metoda ventilacije staklenika. Ventilatori za ispuh i unutarnju cirkulaciju također mogu biti učinkovit način prozračivanja staklenika.
Jedan ventil koji se montira u zid ili krov jedna je od najjeftinijih i najboljih metoda ventilacije staklenika. Ova vrsta ventila omogućuje protok svježeg zraka kroz strukturu kroz otvorena vrata ili prozor. Ova metoda ventilacije staklenika omogućuje postupno strujanje zraka kroz prostoriju i uklanjanje topline i vlage. Veći staklenici obično zahtijevaju niz ventilacijskih otvora strateški postavljenih duž krova ili zidova. Ventilacijski otvori na zidu mogu se ručno otvoriti kako bi se osigurao dodatni protok zraka kada nema povjetarca.
Automatski otvori za ventilaciju se otvaraju i zatvaraju kada temperatura unutar staklenika dosegne određenu razinu. Ova metoda ventilacije staklenika radi bez struje. Priključeni cilindar automatski otvara otvor kada se oko njega nakupi dovoljna količina topline. Otvor se ponovno zatvara kada se zrak u stakleniku ohladi. Automatski ventilacijski otvori s električnim upravljanjem kontroliraju se termostatom ili humidistatom unaprijed postavljenim na određenu temperaturu ili razinu vlažnosti.
Ispušni ventilatori također mogu osigurati ventilaciju staklenika uvlačeći vanjski zrak kroz strukturu kada prirodni povjetarac nije prisutan. Ovi ventilatori se obično postavljaju nasuprot vrata kako bi omogućili potpuni protok zraka kroz strukturu. Budući da zrak iz ispušnog ventilatora puše prema van, ne ometa osjetljive biljke. Mali staklenici obično se mogu ventilirati samo s jednom zidnom jedinicom. Veće strukture mogu zahtijevati jedan ili više velikih ispušnih ventilatora montiranih na svakom kraju s otvorima za ventilaciju na bočnim zidovima.
Ispušni ventilatori mogu se kontrolirati ručno ili automatski pomoću termostata ili humidistata. Mogu se kupiti i ispušni ventilatori na solarni pogon kako bi se smanjila potrošnja energije. Ove jedinice imaju veći početni trošak, ali obično se s vremenom isplate smanjenjem troškova električne energije. Neki staklenici koriste unutarnji ventilator u kombinaciji s ispušnim ventilatorom za daljnju cirkulaciju zraka i smanjenje temperature i vlage. Ova metoda ventilacije staklenika također pomaže u promicanju oprašivanja među određenim vrstama biljaka.