Zalijevanje bonsaija je delikatna umjetnost. Jao, ne postoji pouzdana metoda za zalijevanje bonsaija koja se može slijediti uobičajeno za zdrave biljke. Svaki bonsai je drugačiji, s jedinstvenim potrebama koje mogu varirati ovisno o stablu, godišnjem dobu, mediju za saksiju i samoj posudi. Može potrajati nekoliko pokušaja i pogrešaka da biste saznali o preferencijama određenog bonsaija, a mnogi stručnjaci pričaju o jadima o bonsaiju koje su slučajno ubili kad su tek počeli.
Prva stvar koju treba uzeti u obzir prilikom zalijevanja bonsaija su navedene potrebe stabla za vodom. Neka stabla, na primjer, preferiraju suhe uvjete, dok druga mogu voljeti vlažno tlo, ili mogu voljeti ostati vlažna s vlagom, s relativno suhim tlom. Ove potrebe postaju posebno komplicirane u loncu, jer u prirodi drvo može kontrolirati količinu upijanja vode tako što širi svoje korijenje i prilagođava se okolišu. U posudi za bonsai, stablo je u milosti kultivatora, što znači da ljudi moraju biti pažljivi kada zalijevaju bonsai.
Općenito je pravilo, zalijevanje bonsaija treba biti kad god je stablo suho. Mnogi ljudi mogu reći je li bonsai suh ili ne samo gledajući ga, jer će se boja i tekstura tla promijeniti. Vrtlari ponekad mogu reći i podizanjem lonca i osjećajem za promjenu težine; za pojedince s manje iskustva, prst se može zabiti u tlo kako bi se utvrdilo je li gornji dio suh ili ne. Bonsai će se sušiti različitom brzinom, ovisno o relativnoj vlažnosti i temperaturi, pa ljudi ne bi trebali računati na zalijevanje po rasporedu.
Ako je biljka suha, idealno bi je zalijevati ujutro. Postoje različite preporuke o načinu zalijevanja. Neki ljudi sugeriraju da se zalijevanje bonsaija treba obaviti u sustavu s dva ciklusa. Tijekom prvog kruga, vodu možete posuti kantom za zalijevanje po loncu sve dok rupe za drenažu ne počnu curiti. Zatim biljku treba ostaviti da se odmori 15 do 20 minuta prije drugog ciklusa zalijevanja. Drugi preporučuju da se bonsai zalijeva tri puta, “jednom za lonac, jednom za tlo i jednom za stablo”. Ljudi bi trebali uzeti u obzir kako se određeni bonsai prilagođava praksi zalijevanja i u skladu s tim napraviti prilagodbe. Neke biljke, na primjer, vole da ih se zalijeva dva puta dnevno, dok druge mogu ostati bez vode tjedan dana ili više.
Prilikom zalijevanja bonsaija važno je izbjegavati da voda dođe na lišće i cvijeće, jer može uzrokovati štetu ako se događa rutinski. Međutim, biljke povremeno cijene zamagljivanje ili nježno prskanje kako bi se uklonila prašina s lišća.
Kada bonsai ne dobivaju dovoljno vode, oni imaju tendenciju da razviju uvelo i požutjelo lišće, a cvjetanje i listanje mogu biti potisnuti. Stabla koja dobivaju previše vode mogu klonuti, požutjeti ili smeđi, a ako se dopusti da truleži korijena uđe, mogu se početi listati u stranu. Njega bonsaija također se može zakomplicirati premještanjem lonca ili presađivanjem; oba ova događaja mogu šokirati stablo i uzrokovati njegovu reakciju ispuštanjem lišća ili žutilom.