Komplikacije kateterizacije ovise o području tijela u koje je kateter postavljen i o tome je li kateter na mjestu kratko ili dugo. Popis čestih komplikacija kateterizacije uključuje infekciju, ozljedu tkiva, začepljenje, oštećenje krvnih žila, trovanje krvi i alergije. Infekcija je univerzalna komplikacija vrsta katetera postavljenih interno.
Kateteri urinarnog trakta se ili umetnu u mokraćnu cijev ili se postavljaju izvana oko penisa kako bi se drenirao mjehur. Kod interno postavljenih katetera, najčešće komplikacije kateterizacije su infekcije mokraćnog sustava, začepljenje i ozljede tkiva. Začepljenje je uzrokovano mineralnim solima koje proizvode mikroorganizmi u interakciji s naslagama urina i može uzrokovati nelagodu. Stalni kateteri također mogu uzrokovati trovanje krvi, infekcije bubrega i oštećenje bubrega, iako su te nuspojave rjeđe. Lateks u kateterima koji se omotavaju oko penisa može uzrokovati alergijske reakcije kod nekih pacijenata.
Kateteri se također ubacuju u venski sustav za prijenos hranjivih tekućina i lijekova. Kateteri se mogu umetnuti u periferni venski sustav, kao što je u ruci, za prijenos intravenskih tekućina ili lijekova. Kateter također može biti središnji venski kateter, koji se postavlja u veliku venu blizu ili u srcu. Najčešće komplikacije umetanja središnje vene su infekcija, stvaranje krvnih ugrušaka i začepljenje cijevi. Periferni venski kateteri imaju iste probleme kao i središnji venski kateteri, ali imaju veću vjerojatnost da će uzrokovati flebitis, upalu vene, nego središnji venski kateteri.
Kateteri se također mogu uvući kroz krvne žile u srce. U tom slučaju liječnik može uzrokovati bol i krvarenje prilikom umetanja cijevi. Iako bol može biti lagana kao i normalna nelagoda, ona također može biti rezultat slučajnog oštećenja krvne žile – oštećenja koja mogu biti velika poput rupa koje su probušene u žili kada liječnik provlači kateter do srca. Pacijent također može biti alergičan na boju koja se koristi u postupku kateterizacije srca.
Bebi se može umetnuti pupčani kateter ako treba stalne hranjive tekućine, lijekove ili ako njegov liječnik treba redovito uzimati uzorke krvi. Infekcija je jedna od najčešćih komplikacija kateterizacije u takvim situacijama. Pupčani kateter također može ograničiti protok krvi do jednog od djetetovih udova ili organa. U epruveti se također može stvoriti krvni ugrušak koji može biti smrtonosan.