Iako laparoskopska kirurgija uzrokuje manje oštećenja tkiva nego otvorena operacija, kao i kod svakog kirurškog zahvata, postoji rizik od komplikacija. Iako su mnoge od ovih komplikacija male i lako se rješavaju, javljaju se u 1-5 posto svih laparoskopskih operacija, a stopa smrtnosti od laparoskopskih komplikacija je oko 0.05 posto. Neke od najčešćih komplikacija proizlaze iz nuspojave na anesteziju, što može uključivati respiratorne komplikacije i srčanu aritmiju. Druge uobičajene komplikacije laparoskopije uključuju infekciju, upalu pluća, bronhitis, prekomjerno krvarenje i stvaranje ožiljnog tkiva. Te se komplikacije mogu pojaviti nakon otvorene operacije ili laparoskopske operacije, ali su rjeđe nakon laparoskopije.
Laparoskopska operacija može rezultirati ozljedom crijeva, trbušnih organa, vena i arterija. Neiskusni kirurzi mogu nenamjerno probušiti crijeva ili druge dijelove gastrointestinalnog trakta dugim, šiljastim kirurškim instrumentima koje koriste. Iako su te ozljede rijetke, mogu dovesti do potencijalno opasnog stanja zvanog peritonitis, a to je upala peritoneuma. U nekim slučajevima potrebna je daljnja operacija pomoću većeg reza kako bi se popravilo oštećeno tkivo ili zaustavilo krvarenje.
Pacijenti također mogu pretrpjeti nezapažene električne opekline uzrokovane elektrodama koje propuštaju struju u okolno tkivo. Ove opekline mogu dovesti do peritonitisa. Aktivno praćenje elektroda eliminira rizik od nenamjernih unutarnjih električnih opeklina.
Bolesnici koji imaju poremećaje zgrušavanja krvi ili su razvili ožiljno tkivo kao rezultat ranijih operacija izloženi su većem riziku od komplikacija laparoskopije. Bolesnici koji imaju ispodprosječne indekse tjelesne mase također su pod većim rizikom. Njihovi kirurzi bi se mogli odlučiti za otvorenu operaciju zbog ovih čimbenika.
Plin ugljični dioksid koji se koristi za napuhavanje trbušne šupljine tijekom operacije također može uzrokovati komplikacije laparoskopije. Hladan, suh plin može uzrokovati hipotermiju i peritonealnu traumu. Taj se rizik smanjuje vlaženjem i zagrijavanjem plina ugljičnog dioksida.
Bolesnici koji imaju respiratorne poremećaje možda neće tolerirati širenje trbušne šupljine korištenjem ugljičnog dioksida, što zahtijeva otvorenu operaciju. Daljnju komplikaciju uzrokuje plin ugljični dioksid koji ostaje u trbušnoj šupljini nakon operacije. Džep plina može se podići u abdomenu i pritisnuti dijafragmu, uzrokujući bol kada pacijent diše. Ovo je obično privremeno stanje koje se ublažava kada tjelesna tkiva apsorbiraju višak plina.
Incizijska crijevna hernija je još jedna potencijalno ozbiljna komplikacija laparoskopije koja je posljedica nepravilnog zatvaranja mjesta otvora većih od 0.4 inča (10 mm) koji se koriste za uvođenje kirurških instrumenata tijekom operacije. Važno je da fascija bude pravilno zatvorena. Simptomi crijevne hernije uključuju povremenu mučninu i povraćanje.
Infekcija je još jedna česta komplikacija laparoskopije. U slučaju infekcije obično se daje antibiotik. Kako bi izbjegli komplikacije laparoskopije, neki kirurzi propisuju antibiotike prije operacije kada postoji povećan rizik od infekcije zbog pacijentovog nedovoljnog imunološkog odgovora.