S obzirom na invazivnost zahvata, većina komplikacija lumbalne punkcije je rijetka. Najčešća komplikacija je glavobolja, koja se javlja u oko četiri od deset pacijenata s lumbalnom punkcijom i obično se povlači unutar jednog tjedna. Ostale komplikacije su ozbiljnije, ali se javljaju mnogo rjeđe. Meningitis, ozljeda korijena živca i dugotrajna križobolja su među mogućim, iako rijetkim, komplikacijama lumbalne punkcije.
Glavobolja koja se javlja nakon lumbalne punkcije naziva se postduralna punkcijska glavobolja. Njegovi uzroci nisu poznati. Javlja se češće u žena nego u muškaraca, a rjeđe i u mlađih i starijih bolesnika. Nekoliko studija pokazuje da izbor igle koja se koristi za lumbalnu punkciju utječe na učestalost ovih vrsta komplikacija lumbalne punkcije. Čini se da igle s šiljkom olovke, za razliku od igala s kosim vrhom, značajno smanjuju pojavu glavobolja nakon duralne punkcije.
Istraživanja pokazuju da ni mirovanje u krevetu ni dugotrajno izlaganje ne sprječavaju postduralnu glavobolju. Oralni kofein pruža prolazno olakšanje, ali kratkog je djelovanja i neće ukloniti glavobolju. Najučinkovitiji tretman je epiduralni krvni flaster. Flaster se postavlja nakon punkcije i pruža olakšanje za do 98 posto pacijenata koji imaju glavobolju nakon uboda.
Ozbiljne komplikacije lumbalne punkcije uključuju hernijaciju tonzila, intrakranijalno krvarenje i infekcije. Ove vrste komplikacija su rijetke. Neke se komplikacije češće javljaju kod pacijenata čije je zdravlje ili stanje ugroženo. Bolesnici s ozbiljnim zdravstvenim stanjima skloniji su razvoju opasnih komplikacija kao posljedica lumbalnih punkcija.
Uzorci cerebrospinalne tekućine uzimaju se lumbalnom punkcijom. Ova tekućina okružuje mozak i leđnu moždinu. Pregled tekućine može pomoći u dijagnosticiranju bolesti kao što su meningitis, multipla skleroza i cerebralno krvarenje. Ponekad se postupak provodi kako bi se utvrdile promjene u cerebrospinalnom tlaku. Razlika u tlaku prije uklanjanja tekućine i nakon uklanjanja tekućine može pomoći u dijagnozi tumora mozga ili infekcije.
Neurolozi ili drugo educirano medicinsko osoblje izvode lumbalne punkcije. Postupak se obično odvija na donjem dijelu leđa. Liječnici prvo čiste, steriliziraju, a ponekad i anesteziraju područje oko mjesta odabranog za ubod. Ubacuju iglu između kralježaka i kreću se u prostor ispunjen likvorom. Nakon što se tekućina povuče, liječnici uklanjaju iglu i prekrivaju ubod sterilnim zavojem.