Najčešće prijavljene nuspojave astaksantina su bezopasne promjene pigmenta, kao što je blago narančasta nijansa kože ili stolice. Čak i pri visokim dozama, nisu uočeni toksični učinci, ni kod životinja ni kod ljudi. Druge, manje uobičajene nuspojave astaksantina imaju veći utjecaj, a nuspojave poput niskog krvnog tlaka i promjena u razinama hormona mogu imati ozbiljne zdravstvene posljedice.
Astaksantin se najčešće koristi kao dodatak stočnoj hrani, a dodaje pigment rakovima, škampima, jastozima i lososu, dajući im poznatu crvenkasto narančastu boju. Kao dodatak stočnoj hrani, astaksantin je općenito priznat kao siguran, prema Kodeksu saveznih propisa Sjedinjenih Država, a većina ljudi može konzumirati morske plodove hranjene astaksantinom bez ikakve reakcije. Godine 1999., američka uprava za hranu i lijekove izbacila je astaksantin kao sastojak hrane za ljudsku prehranu.
Kao dodatak prehrani astaksantin se najčešće koristi kao antioksidans za smanjenje kolesterola. Zagovornici također preporučuju astaksantin za poboljšanje zdravlja očiju i liječenje sindroma karpalnog tunela, artritisa, ozljeda mišića, gastrointestinalnih tegoba i muške neplodnosti. Međutim, treba napomenuti da nema dovoljno dokaza koji podržavaju bilo koju od ovih tvrdnji i da nema dokazane zdravstvene koristi za ovaj dodatak.
Uobičajene nuspojave astaksantina uključuju povećanu pigmentaciju, rast kose, promjene u razinama hormona i nizak krvni tlak. Uočene su i smanjene razine kalcija, smanjen libido i povećanje grudi kod muškaraca, ali su te nuspojave astaksantina rjeđe. Alergijske reakcije su također moguće i mogu biti vrlo opasne. Osobe s poznatom alergijom na tu tvar trebaju izbjegavati astaksantin i hranu hranjenu astaksantinom.
Interakcije s lijekovima još su jedna ozbiljna briga. Na primjer, astaksantin može pojačati lijekove za krvni tlak i može uzrokovati opasno nizak krvni tlak. Učinci suplementa na razinu hormona mogu utjecati na hormonsko liječenje i kontrolu rađanja. Slične su unakrsne reakcije opažene s nekim antihistaminicima, a lijekovi za astmu možda neće dobro reagirati na astaksantin. Enzimi jetre, koji su odgovorni za uklanjanje raznih lijekova iz krvi, također mogu biti pogođeni, što rezultira povećanom razinom tih lijekova koji ostaju u cirkulaciji.
Reakcije su također moguće s drugim suplementima i biljnim lijekovima. Saw palmetto, crni kohoš ili drugi lijekovi koji utječu na hormone mogu reagirati nepredvidivo. Nuspojave astaksantina kao što su nizak krvni tlak i smanjena razina kalcija mogu se pojačati tvarima sa sličnim učincima. Korištenje drugih karotenoidnih antioksidansa, kao što su beta karoten i likopen, s astaksantinom će smanjiti apsorpciju i ne preporučuje se.