Benzoil peroksid se često koristi za uklanjanje akni, ali mnogi pacijenti doživljavaju neke nuspojave tijekom liječenja. Većina najčešćih nuspojava benzoil peroksida aktualna je i zahvaća samo kožu lica. Na primjer, smatra se normalnim promatrati suhu kožu koja je nježna i koja se čini crvenom nakon primjene ove vrste tretmana akni. Ozbiljnije nuspojave uključuju pojavu mjehura i kora, zajedno s aknama koje se zapravo pogoršavaju nakon primjene benzoil peroksida. S druge strane, oni koji su alergični na ovaj lijek mogu primijetiti više od samo lokalnih nuspojava, jer bi im čak moglo biti teško disati.
Određene nuspojave benzoil peroksida pojavljuju se tek na početku liječenja, a nestat će kako se koža navikne na lijek. Na primjer, smatra se tipičnim da se koža nakon nanošenja ovog lijeka osjeća suhom i lagano nadraženom. Za to vrijeme može također izgledati nježno i izgledati crveno. Nažalost, neki ljudi također primjećuju da im se koža počinje ljuštiti kako se polako navikava na lijekove, iako bi također trebali primijetiti da im akne postupno nestaju u isto vrijeme. Zbog pojave ovih blagih nuspojava benzoil peroksida, mnogim pacijentima liječnik savjetuje da lijek nanose samo svaki drugi dan dok se njihova koža ne navikne na njega.
Postoje pacijenti koji primjećuju ekstremnije nuspojave koje je teško zanemariti. Koža može početi stvarati mjehuri ili korica, a može imati stalnu crvenu nijansu. Nije iznenađujuće da crveno lice može biti popraćeno osjećajem topline, kao i osjećajem peckanja. Ove nuspojave benzoil peroksida obično treba prijaviti liječniku, osobito ako se čini da se akne nisu počele čistiti. Zapravo, neki ljudi primjećuju da im se akne još više pogoršavaju, što može ukazivati na to da ovo nije najbolji lijek za njih.
Dok se neke nuspojave benzoil peroksida smatraju manjim, pa čak i očekivanim, druge su znakovi alergije, što znači da bi određeni pacijenti trebali odmah prestati uzimati lijek. Na primjer, koprivnjača u razvoju, crveni osip na licu ili stalni osjećaj svrbeža obično se ne smatraju normalnim. To je osobito istinito ako su ove nuspojave popraćene osjećajem stezanja u prsima koji otežava disanje, kao i vrtoglavicom. Takve nuspojave benzoil peroksida obično ukazuju na alergiju i obično zahtijevaju hitnu liječničku pomoć.