Najčešće nuspojave izoniazida uključuju vrtoglavicu, nesanicu i želučane smetnje, iako se mogu pojaviti i ozbiljnije nuspojave. Ovaj antibiotik također može uzrokovati upalu živaca, napadaje i poteškoće s mokrenjem. Povišene razine šećera u krvi, abnormalni rezultati krvnih pretraga i psihoza su među potencijalnim nuspojavama izoniazida i mogu biti izraženije kada se ovaj lijek kombinira s određenim drugim lijekovima. Zabilježeno je oštećenje jetre opasno po život kod nekih ljudi koji koriste ovaj antibiotik. Sve nove ili dosadne nuspojave izoniazida treba prijaviti liječniku radi daljnje medicinske procjene.
Probavni problemi su među najčešće prijavljenim nuspojavama izoniazida i mogu uključivati mučninu, povraćanje ili žgaravicu. Također su dokumentirani grčevi u trbuhu, zatvor i proljev. Uporno povraćanje ili proljev, osobito ako je prisutna krv, treba procijeniti medicinski stručnjak kako bi se isključila oštećenja želuca ili crijeva. Jaka bol u trbuhu praćena povišenom temperaturom trebala bi potaknuti posjet liječniku ili hitnu pomoć u najbližoj bolnici.
Krvni poremećaji mogu se razviti kao nuspojave izoniazida i često se sami povuku nakon prestanka uzimanja lijeka. Povišena razina šećera u krvi i smanjena razina vitamina B6 najčešći su problemi povezani s krvlju povezanim s upotrebom ovog lijeka. Žene mogu primijetiti menstrualne nepravilnosti i ne smiju koristiti ovaj lijek ako su trudne ili doje. Bolesnici s dijabetesom ili drugim bolestima koje utječu na krv možda neće moći sigurno koristiti izoniazid.
Mentalne promjene i promjene raspoloženja treba odmah prijaviti liječniku, jer ove nuspojave izoniazida gotovo uvijek zahtijevaju liječenje drugim antibiotikom. Zbunjenost, razdražljivost i psihoza uzrokovane ovim lijekom mogu dovesti do destruktivnog ponašanja i često zahtijevaju hitnu medicinsku pomoć. Ako pacijent koji uzima izoniazid postane borben ili pokazuje znakove samoozljeđivanja, potrebno je kontaktirati hitnu medicinsku pomoć radi pomoći u transportu do najbliže bolnice.
Kao posljedica ovog lijeka može doći do teškog oštećenja jetre, a taj se rizik povećava s produljenom primjenom. Žutica je karakterizirana žutom bojom koja utječe na kožu ili bijeli dio očiju i često ukazuje na to da jetra ne može pravilno funkcionirati. Ovo oštećenje može biti smrtonosno i ponekad zahtijeva transplantaciju jetre kako bi se spasio život pacijenta. Oni koji već imaju oštećenu funkciju bubrega mogu doživjeti potpuno zatajenje bubrega kada koriste ovaj lijek. Dijaliza ili transplantacija mogu biti potrebni ako se lijek ne prekine prije nego se razvije trajno oštećenje bubrega.