Većina nuspojava klaritromicina relativno je blage i ne predstavljaju značajne zdravstvene rizike, iako se pri primjeni ovog antibiotika mogu pojaviti ozbiljne ili potencijalno smrtonosne komplikacije. Neke od najčešćih nuspojava klaritromicina uključuju gastrointestinalne smetnje, glavobolje i nenormalan okus u ustima. Dodatni simptomi mogu uključivati vrtoglavicu, zujanje u ušima i promjenu boje zuba i jezika. Ozbiljne nuspojave koje treba odmah prijaviti liječniku uključuju jaku bol u trbuhu, bol u prsima i otežano disanje. Moguće su i druge nuspojave klaritromicina, pa bi sve nove ili dosadne simptome koji se razviju nakon početka liječenja ovim lijekom liječnik trebao procijeniti kako bi se uvjerio da nema ozbiljnih zdravstvenih prijetnji.
Probavni problemi kao što su mučnina, povraćanje i proljev među najčešće prijavljenim nuspojavama klaritromicina. Ovi simptomi su obično blagi i mogu se smanjiti uzimanjem antibiotika s hranom ili mlijekom. U nekim slučajevima mogu se propisati dodatni lijekovi kako bi se spriječila mučnina, osobito ako se zbog toga apetit značajno smanji. Jaka bol u trbuhu ili pojava krvi u stolici ili povraćanju mogu značiti oštećenje probavnog trakta i treba ih liječiti kao hitnu medicinsku pomoć.
Glavobolje, vrtoglavica i nenormalan okus u ustima uobičajene su nuspojave klaritromicina. Većina glavobolja je relativno mala i može se uspješno liječiti lijekovima protiv bolova koji se mogu kupiti bez recepta, iako iznenadnu ili jaku glavobolju treba procijeniti liječnik. Potreban je oprez pri vožnji ili obavljanju aktivnosti koje zahtijevaju ravnotežu ili koordinaciju ako se tijekom uzimanja ovog lijeka pojavi vrtoglavica. Iako se neugodan okus u ustima često događa, on obično ne predstavlja nikakve zdravstvene probleme i obično nestaje nakon prestanka uzimanja antibiotika.
Kao posljedica ovog lijeka može doći do zujanja u ušima i promjene boje zuba ili jezika. Rutinsko čišćenje zuba obično može vratiti zube njihovu normalnu boju. Alergijske reakcije ponekad se razvijaju tijekom uzimanja klaritromicina i mogu se pojaviti čak i ako je lijek bio uspješno korišten u prošlosti. Bol u prsima, otežano disanje i oticanje grla ili jezika uobičajeni su simptomi potencijalno smrtonosne alergijske reakcije poznate kao anafilaksija. Njegovatelj bi trebao pozvati hitnu pomoć za pomoć u transportu pacijenta u najbližu bolnicu ako su prisutni simptomi alergijske reakcije kako bi pravilne mjere održavanja života mogle započeti što je prije moguće.