Klorokin je lijek na recept dizajniran za sprječavanje infekcije malarije i liječenje postojećih slučajeva. Pokazao se vrlo učinkovit kao antimalarik, ali je rizik od nuspojava relativno visok u usporedbi sa sličnim lijekovima. Pacijent može osjetiti nuspojave klorokina kao što su mučnina, grčevi i povraćanje unutar nekoliko sati od početka uzimanja lijeka. Teške nuspojave koje mogu uključivati gubitak vida, suženje dišnih putova i nesvjesticu su rjeđe, ali mogu postati opasne po život bez hitne medicinske skrbi.
Liječnici nisu u potpunosti sigurni kako klorokin djeluje u tijelu, što otežava predviđanje vjerojatnosti i vrste nuspojava koje se mogu pojaviti. Najčešće nuspojave klorokina koje su prijavili pacijenti koji uzimaju lijek za prevenciju malarije uključuju želučane smetnje, grčeve u trbuhu, proljev, mučninu i povraćanje. Neki ljudi imaju glavobolje, vrtoglavicu i poteškoće sa spavanjem. Mogu se razviti i blagi kožni osipi koji podsjećaju na psorijazu.
Kada se klorokin uzima za liječenje aktivne infekcije malarije, pacijent može doživjeti gastrointestinalne nuspojave. Osim toga, promjene vida su prilično česte nuspojave klorokina kada se koristi kao aktivno sredstvo za liječenje. Osoba može imati progresivno slabljenje vida ili vidjeti spontane bljeskove jarko žute i crvene boje. Oči mogu postati vrlo osjetljive na sunčevu svjetlost i imati problema s fokusiranjem na obližnje objekte. Rijetko dolazi do potpunog gubitka vida koji može, ali i ne mora biti reverzibilan. Problemi s vidom mogu biti popraćeni gubitkom sluha, vrtoglavicom i grčevima na licu.
Alergijske reakcije na klorokin su rijetke, ali komplikacije mogu biti ozbiljne. U roku od nekoliko sati, a ponekad i minuta nakon uzimanja doze, alergična osoba može doživjeti rašireni kožni osip koji uzrokuje izbijanje bolnih, pekućih i svrbežnih koprivnica. Dišni putovi se mogu suziti do te mjere da disanje i gutanje postaju vrlo otežani. Ako je zahvaćen mozak, može doći do zbunjenosti, mišićnih grčeva i napadaja.
Pacijent koji ima blage nuspojave klorokina trebao bi nastaviti uzimati lijek prema uputama i zakazati sastanak sa svojim liječnikom. Liječnik može izvršiti niz krvnih i slikovnih pretraga kako bi provjerio moguće oštećenje bubrega ili jetre, a zatim razmotriti mogućnosti liječenja. U većini slučajeva, pacijent može jednostavno prestati uzimati lijek i započeti tečaj sličnih lijekova protiv malarije kako bi prekinuo neugodne nuspojave klorokina. U slučaju predoziranja, alergijske reakcije ili teških promjena vida potrebno je potražiti hitnu pomoć kako bi liječnici mogli dati intravenske tekućine i protuupalne lijekove. Mogu se davati diuretici kao što je amonijev klorid koji pomažu u čišćenju tijela od klorokina.