Najčešći nuspojave magnetske rezonancije su one vezane uz dugotrajno ležanje u malom prostoru i mogu uključivati vrtoglavicu, bolove u leđima i umor. Ozbiljnije nuspojave mogu se pojaviti kao reakcija na bilo koji kontrastni medij koji se koristi za MRI. U vrlo rijetkim slučajevima, ako je komad metala u tijelu, MRI uređaj može natjerati predmet da se pomakne unutar tijela, uzrokujući ozbiljna oštećenja. Ovo je vrlo rijetka nuspojava, jer postoje stroge mjere opreza za zaštitu od ove vrste nesreće.
Ljudi obično doživljavaju nuspojave magnetskom rezonancom za koje se čini da su uzrokovane učincima magnetske rezonancije, ali su zapravo uzrokovane vrlo mirnim ležanje tijekom dugog vremenskog razdoblja. Vrtoglavicu i bolove u leđima o kojima su izvjestili neki pacijenti gotovo je sigurno uzrok ležanja na tvrdoj površini sat vremena ili više. Umor nakon magnetske rezonancije često je uzrokovan stresom povezanim sa snimanjem slika, što može biti napornije nego što je vidljivo tijekom postupka. Nuspojave magnetskom rezonancom kao što su glavobolje često su povezane s glasnim zvukovima koje se čuje tijekom magnetske rezonancije i češće su za ljude koji također imaju migrene.
Neki ljudi imaju blage nuspojave MRI koje obično nalikuju alergijskoj reakciji kada se koristi kontrastno sredstvo. Vrlo ozbiljne nuspojave MRI mogu se pojaviti kada pacijent ima teško zatajenje bubrega i izložen je kontrastnom mediju koji sadrži gadolinij. Ova nuspojava je bolest koja se naziva nefrogena sistemska fibroza, koja je neizlječiva, a ponekad i smrtonosna. Relativno je malo vjerojatno da će netko doživjeti ovu nuspojavu, budući da se zatajenje bubrega obično identificira prije MRI-a koji uključuje gadolinij.
Vrlo rijetko, željezo u tijelu uzrokuje bolne nuspojave MRI. Feromagnetski objekti mogu se snažno pomicati iz bilo kojeg položaja u blizini MRI uređaja. Ako su unutar tijela, mogu uzrokovati veliku štetu unutarnjim organima. Osoba s metalnim ispunama u zubima može osjetiti lagane trnce, ali manji zubni nastavci obično nisu problematični za zahvat.
Čini se da je najčešća nuspojava MR-a povećana osjetljivost na moguće zdravstvene probleme. MRI stroj je stresan i često nepoznat dio tehnologije, a mnogi ljudi postaju vrlo zabrinuti zbog osjeta koji se inače ne bi smatrali zabrinjavajućim. Uočeni trnci ili vrtoglavica koji obično prolaze nezapaženo ili bilo kakav osjećaj boli postaju izvor velike zabrinutosti. Uočena mogućnost da je došlo do velikih nuspojava također uzrokuje simptome panike. Ove nuspojave se mogu izbjeći razgovorom s liječnikom od povjerenja i prepoznavanjem da je MRI vrlo siguran postupak.