Većina ljudi može jesti papaju bez ikakvih problema, iako postoje neke potencijalne nuspojave povezane s konzumacijom ili upotrebom ovog voća. Neke od mogućih nuspojava papaje uključuju iritaciju kože, respiratorne probleme ili gastrointestinalne smetnje. Onima koji su alergični na proizvode koji sadrže lateks obično se savjetuje da izbjegavaju upotrebu papaje, kao i trudnice ili dojilje. Jedna od najtežih nuspojava konzumacije papaje je potencijalno po život opasna vrsta alergijske reakcije poznata kao anafilaksija. O svim posebnim pitanjima ili nedoumicama u vezi s nuspojavama u pojedinoj situaciji potrebno je razgovarati s liječnikom ili drugim medicinskim stručnjakom.
Iritacija kože jedna je od najčešće prijavljenih nuspojava papaje. Svrab, oteklina i razvoj osipa koji podsjeća na ekcem mogu se pojaviti kao posljedica izravnog kontakta s papajom ili proizvodima koji sadrže ovo voće. Jarkocrveni osip se također može pojaviti oko usta nakon jela papaje.
Problemi s dišnim sustavom mogu se razviti kao nuspojave papaje kod onih koji su osjetljivi na dijelove ovog voća. Simptomi alergije na nos kao što su suzne oči, kihanje i kašalj među najčešćim su respiratornim simptomima. Bolesnici s astmom ili bronhitisom u anamnezi mogu primijetiti pogoršanje simptoma nakon kontakta s papajom.
Umjerene do teške gastrointestinalne smetnje moguće su nuspojave konzumacije papaje. Ovi simptomi mogu uključivati mučninu, proljev ili žgaravicu. U ozbiljnijim slučajevima može doći do oštećenja jednjaka, želuca ili crijeva kod onih koji su vrlo osjetljivi na voće kao što je papaja.
Osoba koja ima alergiju na lateks vjerojatno će također biti alergična na papaju i drugo voće. Liječnik koji nadzire obično će dati popis voća koje treba izbjegavati kada se dijagnosticira alergija na lateks. Ženama koje su trudne ili doje obično se savjetuje da izbjegavaju proizvode koji sadrže papaju kako bi se smanjili rizici za nerođeno dijete ili dojenče.
Možda je najteža od svih mogućih nuspojava papaje alergijska reakcija poznata kao anafilaksija. Simptomi kao što su bol u prsima, otežano disanje ili oticanje lica često ukazuju na prisutnost ove vrste alergije. Bez hitne medicinske pomoći, anafilaksija može uzrokovati trajno oštećenje mozga ili čak smrt u roku od nekoliko minuta. To se obično događa zbog jakog oticanja grla, što sprječava kisik da stigne do mozga, kao i do drugih organa u tijelu.