Najčešće nuspojave vodice za ispiranje usta uključuju iritaciju oralne sluznice i osjećaj peckanja u ustima. Okus vodice za ispiranje usta može se zadržati satima, čineći jelo metalnim, gorkim ili ljutim okusom. Za ublažavanje nuspojave pečenja u ustima mogu se koristiti suptilniji okusi vodice za ispiranje usta. Ponekad uzimanje velikih količina vode za ispiranje usta može uzrokovati teže nuspojave. To uključuje mučninu i povraćanje, vrtoglavicu, proljev i vrtoglavicu.
Iako se slučajno gutanje male količine vode za ispiranje usta općenito ne smatra ozbiljnim, namjerno ispijanje vode za ispiranje usta može uzrokovati ozbiljne nuspojave, pa čak i biti opasno po život. Nuspojave vode za ispiranje usta mogu uključivati gubitak svijesti, napadaje, pa čak i srčani zastoj zbog visokog sadržaja alkohola prisutnog u određenim vodicama za ispiranje usta. Ove nuspojave slične su onima koje se javljaju kod pijenja prevelikih količina alkoholnih pića.
Jedna od najzabrinjavajućih nuspojava vode za ispiranje usta je njezin potencijal da poveća rizik od raka ždrijela i raka usne šupljine. To je opet zbog visokog udjela alkohola u određenim vodicama za ispiranje usta. Iako bi moglo biti potrebno više dokaza za utvrđivanje određene veze, možda bi bilo pametno koristiti bezalkoholnu vodicu za ispiranje usta. Ostale nuspojave tekućine za ispiranje usta uključuju iritaciju i ljuštenje oralnog tkiva, što je neugodno i može postaviti pozornicu za oralnu infekciju ili čak bolest desni.
Prednosti vodice za ispiranje usta uključuju njezinu sposobnost da smanji oralne bakterije koje mogu dovesti do bolesti desni i infekcija zuba. Voda za ispiranje usta također može pomoći u uklanjanju plaka i neugodnog zadaha. Ljudi koji koriste vodu za ispiranje usta ili vode za ispiranje koji sadrže fluor mogu biti manje izloženi riziku od razvoja karijesa. Određene vodice za ispiranje usta također mogu ublažiti upaljeno grlo. Grgljanje tekućinom za ispiranje usta može pomoći u ublažavanju upale grla uzrokovane infekcijom, međutim, prečesto grgljanje tekućinom za ispiranje usta na bazi alkohola može doprinijeti bolnosti.
Kod pojave nuspojava vode za ispiranje usta potrebno je konzultirati stomatologa. Može procijeniti oštećenje oralnog tkiva i razgovarati o oralnoj higijeni koristeći bezalkoholne vodice za ispiranje usta. Neki dentalni stručnjaci, međutim, uopće ne preporučuju korištenje vode za ispiranje usta, umjesto toga preporučuju dobar program oralne higijene koji uključuje pranje zubi najmanje dva puta dnevno i čišćenje koncem između obroka.