Najčešće teme biokemije općenito spadaju u sljedeće kategorije: biokemija žive stanice, metabolizam, životinjski ili biljni organizmi, molekularna biokemija i genetika. Unutar svakog od ovih područja, biokemičari se usredotočuju na proučavanje kemikalija i biokemijskih procesa koji se događaju u živim organizmima. Proučavanje pojedinačne žive stanice obično je jedna od najčešćih biokemijskih tema.
Ključni razlog zašto se biokemijska istraživanja često usredotočuju na kemiju pojedinačne stanice jest taj što postoje mnoge vrste kemijskih procesa koji su zajednički živim stanicama u širokom rasponu različitih organizama, i životinja i biljaka. Biologija stanice također je poznata kao citologija, a razumijevanje biokemije stanice podupire vrlo velik udio drugih tema iz biokemije. Razumijevanje sličnosti i razlika koje postoje između različitih tipova stanica obično je vrlo važno za biokemičare koji proučavaju genetiku, metabolizam i različita područja biokemije životinja, na primjer.
Neki biokemičari radije kategoriziraju teme biokemije prema temeljnoj kemiji koja je uključena. Takva bi kategorizacija mogla, primjerice, započeti s osnovnim temama strukture masti, strukture proteina i strukture ugljikohidrata. Nakon što se shvati osnovna struktura glavnih molekula koje su uključene u biokemijske procese, naprednije proučavanje može objasniti funkcije koje različite molekule obično ispunjavaju u živoj stanici.
Teme iz funkcionalne biokemije bi se tada mogle nadovezati na teme strukturne biokemije ili molekularne biologije. To bi moglo uključivati takve predmete kao što su vezanje ili kako različite molekule međusobno djeluju; transport, to jest kako se molekule kreću u i iz živih stanica; kinetika ili kemijske transformacije; i signalizacija, ili kako žive stanice međusobno komuniciraju. Biokemičar koji studira ovim putem vjerojatno će izgraditi dobru osnovu u osnovnoj biokemiji koja se zatim može koristiti za grananje u različite različite specijalizacije u biokemijskoj karijeri.
Različite teme koje se proučavaju u biokemijskom laboratoriju mogu biti vrlo široke. Razumijevanje osnovnih građevnih blokova života, pojedinačnih živih stanica, čini temelj za većinu, ako ne i sve mogućnosti zapošljavanja u biokemiji i može se smatrati ključnom polaznom točkom za karijeru u biokemiji. Što se tiče biokemijskih tema, također postoji značajno preklapanje između biokemije, molekularne biologije i drugih područja bioloških studija.