Postoje brojne alternative iTunes® trgovini, svaka sa svojim vlastitim snagama i slabostima i svaka je dostupna na brojnim različitim računalnim platformama. Ove alternative obično dopuštaju sličnu funkcionalnost onoj koja je dostupna putem iTunes®, dopuštajući osobi da organizira i upravlja svojim iPod®-om, kao i označavanje pjesama i strujanje digitalnog internetskog radija na njegov ili njezin player. Neki popularni primjeri alternativa iTunes® trgovini su Winamp®, SharePod i MediaMonkey.
Sa svojom integracijom hardvera, softvera i životnog stila, Apple® je postigao značajan uspjeh s izdavanjem iPod®-a i implementacijom iTunes® trgovine za korisnike da kupuju glazbu i upravljaju pjesmama na svom playeru. Neki korisnici iPod®-a, međutim, ne mare za iTunes® i žele alternativu iTunes® trgovini i njezinim sustavima za upravljanje medijima. Brojne različite tvrtke i softverski programi odgovorili su na ovaj poziv pružajući ove alternative korisnicima računala.
Ovih nekoliko primjera ni na koji način nije sveobuhvatno i samo su uzorak programa koji se mogu pronaći i koristiti za upravljanje iPod®-om. Winamp® je program koji je dostupan više od desetljeća i nudi audio i video player za Windows® korisnike. Novije verzije programa također uključuju podršku za iPod®, a može se koristiti za upravljanje pjesmama i popisima pjesama, kao i za sinkronizaciju playera s raznim podcastovima i streaming servisima. Sa stotinama prilagođenih skinova i dodataka, Winamp® pruža korisnu alternativu iTunes® trgovini i veliku fleksibilnost za svakog korisnika računala.
SharePod je program koji se može pokrenuti izravno sa samog iPod®-a, dopuštajući nekome tko nema administrativni pristup potreban za instaliranje programa na računalo da ga i dalje koristi. Dok neki ljudi koji traže alternative iTunes® trgovini mogu smatrati da je ona pomalo restriktivna i ograničena u svojoj funkcionalnosti, za osnovne korisnike može zadovoljiti većinu njihovih temeljnih iPod® potreba. Jednostavan je i lak za korištenje, ali ne nudi širok raspon mogućnosti koje drugi programi prikazuju.
MediaMonkey je još jedna od alternativa i omogućuje visoku razinu funkcionalnosti i personalizacije za korisnika. Iako će napredni korisnici vjerojatno cijeniti brojne funkcije i opcije koje program dozvoljava, nekim korisnicima to može biti neodoljivo. U konačnici, pojedinačni korisnici morat će pronaći program koji im odgovara, pronalazeći optimalnu kombinaciju intuitivnog izgleda i fleksibilnosti pri traženju alternativa iTunes® trgovini.