Prednosti etanola šećerne trske vrlo su očite, osobito u usporedbi s etanolom na bazi kukuruza. Šećerna trska može, funta za funtom, proizvesti mnogo više energije od kukuruza dijelom zato što je lakše proizvesti etanol šećerne trske. Kukuruz zahtijeva dodatne enzime, dodajući više koraka i troškove procesu. Šećerna trska nudi i druge prednosti.
Iako se kukuruz često uzgaja u različitim uvjetima, zbog čega je teško odrediti koliko će biti dostupno iz godine u godinu, posebno za pojedinačne biljke etanola na bazi kukuruza, etanol šećerne trske je mnogo predvidljiviji. Urod šećera, u dijelu svijeta gdje se pretvara u etanol, ostaje relativno stabilan iz godine u godinu za razliku od usjeva koji se uzgajaju u kukuruznom pojasu Sjedinjenih Država. Dok regija srednjeg zapada SAD-a nudi neke od najplodnijih tla na svijetu, mnoge druge stvari mogu utjecati na urod kukuruza. Štetočine, suše, poplave, čak i jaki vjetrovi, sve to može izazvati pustoš na kukuruzu. Iako bi se isto moglo reći i za šećernu trsku, čini se da malo bolje podnosi oluju.
Još jedna prednost etanola šećerne trske je njegov ciklus žetve. Kukuruz se sadi svake godine, obično u proljeće, a zatim se bere u jesen. Postoji samo jedna žetva po ciklusu sadnje. Međutim, šećerna trska nudi prednost, u nekim slučajevima, i do sedam berbi prije nego što je potrebna ponovna sadnja. Dakle, proizvodnja etanola iz šećerne trske može biti puno energetski učinkovitija i isplativija.
Ovi čimbenici mogu napraviti veliku razliku iz više razloga. Šećerna trska može dosljednije i predvidljivije doći do postrojenja za preradu. Vrlo je malo razloga da se tvornica etanola šećerne trske brine da proizvođač neće moći ispuniti svoje ugovorne obveze. Iako to može biti istina i za kukuruz većinu vremena, bit će godina kada to također nije istina.
Energetska bilanca, količina unesene energije u odnosu na izlaz energije, također je znatno veća za etanol šećerne trske u usporedbi s etanolom iz kukuruza. Za svaku jedinicu energije uložene u proizvodnju kukuruznog etanola stvara se 1.3 jedinice. Za svaku jedinicu energije koja se koristi za proizvodnju etanola šećerne trske stvara se osam jedinica. Ovo nudi još jednu konkurentsku prednost za šećer.
Treba napomenuti da su, što se tiče aditiva za benzin, proizvodi od etanola, bilo da su od šećera ili kukuruza, vrlo slični po načinu na koji reagiraju u automobilskim motorima. Kad stigne do automobila, dotjeran je do točke u kojoj je njegovo podrijetlo irelevantno. Jedini relevantan dio je trošak i energetska korist od njegove proizvodnje. Bez obzira radi li se o kukuruzu ili šećernoj trsci, etanol osigurava čišći, višeoktanski benzin. Poput biodizela, on je također obnovljiv izvor goriva.