Bakterije su najčešći organizmi na svijetu, s oko pet nemilijuna (5 x 1030) bakterija na Zemlji. “Bakterija” na grčkom znači “mali štap”. Dolaze u raznim oblicima i veličinama – štapići, kugle, spirale, spiralne, blogovi, itd. Najveća bakterija duga je pola milimetra (iako je to vrlo netipično), a najmanja je promjera samo 0.3 mikrona. Tipična veličina je između 0.5 i 5.0 mikrona. Karakteristike bakterija među najrazličitijim su u bilo kojoj domeni života – srodnost između dvije vrste bakterija često je mnogo manja od odnosa između bilo koje dvije dane metazoa, recimo čovjeka i puža.
Iako zaraze sve i mogu ubiti milijarde drugih organizama, bakterije imaju relativno jednostavnu strukturu. Iako se nekoć smatralo jednostavnim vrećicama citoplazme, bakterije zapravo imaju složenost, samo ne toliko koliko se nalazi u eukariotskim (velikim, složenim, s jezgrom) stanicama. Osnovna struktura je kapsula zaštićena lipidnom membranom. Unutar kapsule je bakterijska “krv”, citoplazma; plazmidi, polunezavisne unutarnje petlje DNK koje mogu dati posebne sposobnosti bakterijama u vrijeme krize; ribosomi, koji manifestiraju “volju” bakterijske DNK izgradnjom proteinskih kompleksa; i tijelo nepravilnog oblika koje sadrži bakterijsku DNK, zvano nukleoid. Ove strukturne karakteristike bakterija zadržane su milijardama godina.
Iako je relativno jednostavno, fascinantna je složenost bakterijske strukture koja objašnjava različite karakteristike bakterija koje vidimo prikazane u prirodi. Jedan od ključnih elemenata koji objašnjava karakteristike bakterija su njihovi unutarnji plazmidi. Ove kratke petlje DNK razmjenjuju se poput trgovačkih kartica između bakterija i poput čarobnih kartica daju im jedinstvene sposobnosti. Na primjer, jedan plazmid može kodirati protein koji truje sve organizme u tom području osim bakterija i njihovih neposrednih srodnika. To može biti vrlo korisno za bakterije koje pokušavaju izrezati svoju nišu iz ograničenog prostora i resursa.
Ostale karakteristike bakterija potječu od bakterijske DNK, koja je nešto manje modificirana od plazmida. To uključuje ultrastrukturne značajke kao što su prisutnost i broj pilija (organ koji koriste bakterije za konjugaciju s drugima iste vrste), broj i veličina flagella (važno za kretanje kod nekih vrsta), priroda prokariota citoskelet (koji određuje cjelokupnu strukturu), i drugi. Kako su bakterije tako male i raznolike, moramo još puno naučiti o tome kako rade, a moderna molekularna genetika i napredna mikroskopija nam pokazuju put.