Postoje mnoge vrste endemske za Indoneziju, vruću točku tropske biološke raznolikosti. Indonezija je ogromna regija i država na sjeveru Australije i jugoistočnoj Aziji. Sastoji se od 17,508 otoka raspoređenih u arhipelage, od kojih su najveći Nova Gvineja, Borneo, Sumatra, Sulawesi, Flores i Timor. Nova Gvineja, Borneo i Sumatra su drugi, treći, odnosno šesti najveći otoci na svijetu, koji zajedno obuhvaćaju više od 800,000 četvornih milja. Izolacija brojnih indonezijskih otoka doprinosi njihovoj biološkoj raznolikosti, s različitim vrstama koje se diverzificiraju na svakom otoku i izolirane su od kontinentalnih grabežljivaca.
U Indoneziji postoje dvije primarne zoogeografske zone: Sundaland na zapadu i Wallacea na istoku. Oni su podijeljeni Wallaceovom linijom, zamišljenom linijom koja prolazi između Bornea i Sulawesija. Zapadno od linije nalaze se uglavnom azijske vrste, na istoku australske vrste. Sve u svemu, oko polovice Indonezije je nenaseljeno, uglavnom je okupirano prašumom.
U Sundalandu postoji 381 autohtona vrsta sisavaca, od kojih su 173 endemske. Tijekom prošlih ledenih doba, razina mora u tom području bila je dovoljno niska da su životinje mogle putovati s azijskog kopna na otoke. Tako se ovdje mogu naći tigar, nosorog, slon i leopard. Najpoznatija vrsta endemska za Indoneziju, orangutan, može se naći na Borneu i Sumatri, gdje čine dvije odvojene vrste. Ovi narančasti veliki majmuni vrlo su inteligentni korisnici alata, ali su ugroženi ljudskom aktivnošću i uništavanjem staništa. Prekrasni sumatranski tigar, najmanja vrsta tigra, može se pronaći ionske mrlje iznad otoka, gdje broji samo 500 jedinki.
Dvije druge endemske vrste za Indoneziju su sumatranski i javanski nosorog, dvije od najrjeđih i najugroženijih vrsta velikih sisavaca na svijetu. Dugo su ih lovili zbog svojih rogova koji imaju vrijednost u kineskoj medicini. Postoji samo oko 300 sumatranskih nosoroga i samo 60 javanskih nosoroga. Bit će potrebni značajni napori za očuvanje kako bi se osiguralo da ove vrste oporave svoje populacije. Proces bi mogao potrajati stoljećima.
Druge vrste endemične za Indoneziju nalaze se u Wallacei, regiji istočno od Wallaceove linije. Wallacea ima 126 endemskih vrsta, uključujući sedam vrsta majmuna makakija, pet vrsta tarsier, anoa, rijedak podrod bizona, i babirusu, životinju nalik svinji s dva skupa zakrivljenih rogova. Na otoku Novoj Gvineji nalaze se vrste koje su endemične za Indoneziju, poput bizarnog Goodfellow’s Tree-klokana, brojne vrste glodavaca, od kojih neki dugi metar, prelijepi papuanski kljun Hornbill i poznati Komodo Dragon, najveći živi gušter. Budući da su jedini domaći placentalni sisavci šišmiši i miševi, druge vrste, poput Komodo zmaja, preuzele su niše koje bi inače usvojile velike placente.