Prosječno ljudsko tijelo odrasle osobe ima oko 1013 stanica, oko 1600 puta više od broja ljudskih bića na Zemlji. Procjenjuje se da na svaku stanicu u ljudskom tijelu dolazi desetak mikroorganizama, uglavnom bakterija u debelom crijevu. To je moguće jer volumen tipične bakterijske stanice može biti više od 1000 puta manji od jedne tjelesne stanice.
Uz bakterijsku tjelesnu floru, svi su također kolonizirani gljivama (uglavnom kvascima), protistima i arhejama (uglavnom metanogeni), iako se o njima manje zna zbog njihove oskudice u odnosu na bakterije. U domeni makroskopske tjelesne flore, kada se nađu u tijelu, to su obično štetni paraziti kao što su trakavice. Međutim, neki ljudi mogu imati tisuće makroskopske tjelesne flore u svojoj koži ili kosi, često u obliku grinja. Znanstvenici vjeruju da na svijetu može postojati čak milijun vrsta grinja, prilagođenih svakom zamislivom okruženju – uključujući ljudsko tijelo.
99% bakterija u crijevima dolazi od 30-40 vrsta. Često viđeni rodovi uključuju Bacteroides, Clostridium, Fusobacterium, Eubacterium, Ruminococcus, Peptococcus, Peptostreptococcus i Bifidobacterium. Bakterijska tjelesna flora ima tendenciju da ima simbiotski odnos sa svojim domaćinom. Bakterije pomažu u probavi složenih ugljikohidrata koji bi inače bili neprobavljivi, potiču rast crijevnih stanica, potiskuju patogene mikrobe, sprječavaju alergije, upalne bolesti crijeva i igraju ključnu ulogu u imunološkom sustavu. Tjelesna flora i tijelo koje zauzima zajedno su evoluirali desecima milijuna godina.
Oko 60% mase fecesa čine bakterije. Neke bakterije pronađene u izmetu mogu biti patogene za osobu od koje su došle i za ljude oko njih. To je dio razloga za modernu higijenu. Bakterije koje se šire izmetom uključuju E. coli i Vibrio cholerae, bakteriju koja uzrokuje koleru.