Najčešće nuspojave ablacije endometrija uključuju groznicu, grčeve i mučninu neposredno nakon operacije. Također nije neuobičajeno da žene koje se podvrgavaju ovom zahvatu osjećaju umor i učestalo mokrenje kratko vrijeme, obično samo nekoliko dana, nakon operacije ablacije. Pacijenticama se savjetuje da je trudnoća nakon ablacije endometrija malo vjerojatna, iako ako se dogodi, postoji visok rizik od pobačaja. Ablacija endometrija ili maternice obično se izvodi za žene s nepravilnim menstrualnim ciklusom, karakteriziranim neobično velikim gubitkom krvi tijekom ciklusa. Operacija se često izvodi za pacijente sa stanjima kao što je endometrioza, a radi se tek nakon što drugi konzervativniji tretmani ne uspiju.
Postupak ablacije endometrija osmišljen je za uništavanje tankog sloja sluznice maternice, što često rezultira neplodnošću. Nakon što se biološko tkivo ukloni, pacijentov menstrualni ciklus ili potpuno prestaje ili je uvelike smanjen u težini i količini izgubljene krvi. Dostupno je nekoliko metoda ablacije koje uključuju zamrzavanje sloja obloge, korištenje zagrijane tekućine i lasersku kirurgiju, između ostalog.
Većina pacijenata ima uobičajene nuspojave ablacije endometrija kao što su bol, grčevi i mučnina. U većini slučajeva ovi simptomi su kratkotrajni i često su prisutni oko četiri dana. Ablacijski pacijenti često imaju groznicu niskog stupnja, zajedno s osjećajem umora. Mnoge žene također primjećuju rijedak, vodenast, krvav iscjedak u satima i danima nakon operacije. Kao i druge uobičajene nuspojave ablacije endometrija, ovi učinci obično nisu dugotrajni i pacijent se brzo oporavlja.
Ženama preporučenim za ablaciju endometrija savjetuje se rano u procesu da će ovaj postupak najvjerojatnije uzrokovati neplodnost, iako se trudnoća može dogoditi rijetko. U slučaju trudnoće nakon ablacije endometrija, većina trudnoća spontano se prekida ili pobačaj. Čak je i u tim slučajevima fizička opasnost za ženu minimalna; međutim, većina liječnika brine se za emocionalno zdravlje pacijenta. Iz tog razloga, neki liječnici predlažu pacijentima s ablacijom korištenje alternativnih oblika kontrole rađanja kako bi spriječili trudnoću nakon oporavka od zahvata.
Dok se većina pacijentica oporavlja od operacije bez ikakvih poteškoća, postoje dokazi o ozbiljnijim nuspojavama ablacije endometrija. Pacijentice su se žalile na bolove poput menstrualnih zbog grčeva, umora i bolova u leđima koji se javljaju mjesecima nakon zahvata. Drugi potencijalni, ali rijetki rizici mogući s ablacijom endometrija također uključuju infekciju od operacije i dugotrajno, teško krvarenje.