Atkinsova dijeta je tijekom godina dobila i snažnu podršku i snažno protivljenje. Neki od protivljenja proizlaze iz neugodnih nuspojava koje su iskusili ljudi koji su isprobali dijetu. Neke od češćih nuspojava Atkinsove dijete uključuju glavobolje, umor i grčeve u nogama. Pobornici dijete tvrde da ove negativne nuspojave dijete općenito ne traju jako dugo, a ponekad ih nadmašuju pozitivne nuspojave Atkinsove dijete kao što je povećana energija.
Razvijači Atkinsove dijete priznaju da, obično tijekom uvodne faze dijete, koja je poznata restriktivna početna faza, neki ljudi doživljavaju glavobolje, bolove u mišićima i umor. Oni pripisuju ove privremene nuspojave Atkinsove dijete fenomenu poznatom kao “povlačenje ugljikohidrata”. Zatvor je također česta briga, vjerojatno zbog nedostatka unosa vlaknastog povrća. Preporučaju korištenje nadomjestaka za vlakna tijekom faze indukcije ako zatvor postane neugodan.
Kratkoročne nuspojave Atkinsove dijete na koje se najčešće žale sami ljudi na dijeti uključuju sve one koje Atkins službeno priznaje, uz dodatak lošeg zadaha, manjka fizičke i mentalne energije i izdržljivosti te gubitka mišića. Grčevi u nogama i vrtoglavica također su prilično česta zabrinutost koja može biti dovoljno zabrinjavajuća da neki ljudi na dijeti na kraju prestanu s dijetom. Neugodan zadah često se pripisuje izlučivanju ketona koji imaju neugodan miris, a smanjena fizička i mentalna energija objašnjava se činjenicom da tijelo, a posebno mozak, radije sagorijevaju ugljikohidrate kako bi gorivo radilo što učinkovitije. Unatoč činjenici da Atkins tvrdi da većina tih nuspojava nestane nakon početne faze indukcije, mnogi ljudi koji su na dijeti ili otkriju da neke neugodne nuspojave traju tijekom cijelog tijeka dijete ili nisu u stanju podnijeti nuspojave dovoljno dugo da bi provjerili jesu li problemi će na kraju nestati.
Međutim, neki ljudi koji su na dijeti ostaju na dijeti dugoročno i doživljavaju više pozitivnih nuspojava nego negativnih. Redovito navedeni pozitivni učinci uključuju povećanje, a ne smanjenje energije i niži krvni tlak. Kod nekih ljudi mogu se pojaviti dugoročne negativne nuspojave zbog ograničene količine vitamina i minerala u hrani koja je pogodna za Atkins. Osim toga, mnogi kritičari prehrane izražavaju zabrinutost zbog toga koliko se životinjskih masti i proteina jede na ovoj prehrani, a ne iz biljnih izvora, koji se smatraju zdravijima za srce. Znanstveni dokazi o dugoročnim zdravstvenim dobrobitima ili rizicima Atkinsove prehrane donekle su kontradiktorni i mogu uključivati bilo što, od poboljšanog zdravlja i kvalitete života do puno većeg rizika od srčanih bolesti.