Većina pacijenata koji uzimaju beta sitosterol neće doživjeti nikakve nuspojave. Drugi mogu imati blage nuspojave koje su obično ograničene na gastrointestinalnu nelagodu. Međutim, pacijenti s određenim već postojećim stanjima mogu doživjeti ozbiljne nuspojave koje mogu dovesti do ili pogoršati srčane bolesti. Kao i kod bilo kojeg drugog lijeka, alergijska reakcija je jedna od mogućih nuspojava beta-sitosterola i zahtijeva hitno liječenje.
Najčešće nuspojave utječu na bolesnikov probavni sustav i obično se javljaju samo kod pacijenata koji uzimaju više beta sitosterola nego što liječnici preporučuju. Ti učinci mogu uključivati grčeve, probavne smetnje, prekomjerno plinove i mučninu. Pacijenti također mogu doživjeti zatvor ili proljev kao rezultat uzimanja ovog dodatka. Povraćanje se općenito ne viđa s upotrebom beta sitosterola, iako pacijenti koji su skloni povraćanju to mogu učiniti na početku mučnine. Uglavnom, pacijenti koji dožive ove moguće nuspojave nisu ozbiljno zabrinuti zbog njih i nastavljaju uzimati dodatak kako je propisano.
Muškarci također mogu doživjeti seksualne nuspojave beta sitosterola. Poznato je da ovaj dodatak smanjuje seksualni nagon i uzrokuje erektilnu disfunkciju. Ovi simptomi nestaju kada pacijent prestane uzimati beta sitosterol i općenito nisu razlog za zabrinutost, osobito ako pacijent uzima ovaj dodatak samo kratko vrijeme.
Beta sitosterol također može ugroziti sposobnost pacijenta da apsorbira vitamin E i karotene. Ove nuspojave beta sitosterola mogu uzrokovati neurološke probleme ili dugoročne zdravstvene komplikacije. Oba ova moguća učinka su posljedica nedostatka vitamina, a ne samog beta sitosterola i mogu se ispraviti uzimanjem dodatnih vitamina E i A. Pacijenti također mogu jesti hranu bogatu tim vitaminima kako bi spriječili nedostatke.
Rijetko se mogu pojaviti ozbiljne alergijske reakcije kao nuspojave beta sitosterola. Znakovi alergijske reakcije uključuju osip ili koprivnjaču, otekline na licu ili u ustima, otežano disanje i promjenu u otkucaju srca ili krvnom tlaku. Bolesnici s ovim simptomima moraju odmah posjetiti liječnika kako bi se alergijska reakcija mogla liječiti.
Također je moguće da pacijenti sa sitosterolemijom dožive štetne nuspojave beta-sitosterola. Kod ovih pacijenata, beta sitosterol može dovesti do bolesti srca ili pogoršati već postojeće srčano stanje. To se događa jer pacijenti sa sitosterolemijom već imaju previše beta-sitosterola u svojim tijelima, koji može začepiti arterije i oštetiti srce.