Kritičari HCG prehrane navode brojne nuspojave koje se pripisuju različitim aspektima plana. Nuspojave HCG dijete mogu proizaći iz upotrebe samog hormona ili iz ekstremnog ograničenja kalorija koje se predlaže kada se koristi hormon. Između ova dva poticatelja, nuspojave mogu varirati od blage glavobolje i umora do zdravstvenog stanja koje se naziva sindrom hiperstimulacije jajnika (OHSS) koje pogađa žene.
Hormon HCG (humani korionski gonadotropin) se prirodno proizvodi tijekom trudnoće i može se koristiti pod liječničkim nadzorom za poticanje plodnosti i kod muškaraca i kod žena. HCG dijeta tvrdi da će samoprimjena hormona u kombinaciji sa strogo restriktivnom prehranom od samo 500 kalorija (2,100 kj) dnevno rezultirati gubitkom težine brzinom od 1 do 3 funte (2.2 do 6.6 kg) dnevno. Nuspojave koje proizlaze iz uporabe hormona mogu uključivati bolove u glavi i tijelu, ošamućenost ili vrtoglavicu i ukočenost. Mogu se pojaviti i otekline i crvenilo ili krvni ugrušci.
Osim ovih simptoma, nuspojave HCG dijete mogu se očitovati u ženskom reproduktivnom sustavu. OHSS uzrokuje oticanje jajnika i može se prepoznati po pojavi simptoma kao što su nelagoda u želucu i abdomenu, debljanje i oticanje ekstremiteta; neki se slučajevi OHSS-a smatraju opasnima po život. Dodatno, povećani rizik za višeporođajnu trudnoću povezan je s uzimanjem HCG-a. Budući da prirodna funkcija hormona potiče proizvodnju jajašca, žene koje zatrudnje mogu nositi više od jednog djeteta, što je potencijalno štetan događaj. Korištenje HCG-a tijekom trudnoće ili dojenja može potencijalno uzrokovati defekte pri rođenju ili razvoju.
Nuspojave ove dijete također se mogu pripisati ekstremnom ograničenju energije, odnosno unosa hrane. Konzumiranje 500 kalorija dnevno daleko je ispod preporučenog dnevnog unosa i za muškarce i za žene i možda neće biti dovoljno energije za pravilno funkcioniranje mozga. Uobičajene nuspojave tako ozbiljnog ograničenja kalorija uključuju slabost, razdražljivost i zbunjenost ili dezorijentaciju. Dugotrajno ograničenje kalorija može uzrokovati trošenje mišića i organa i dovesti do zatajenja srca.
Druge moguće nuspojave HCG dijete mogu se očitovati kao rezultat pothranjenosti uzrokovane ograničenjem kalorija. Neunošenje dovoljno kalorija za dobro uravnoteženu, zdravu prehranu može dovesti do nedostataka vitamina i minerala. Ozbiljna medicinska stanja mogu biti posljedica nedostatka osnovnih hranjivih tvari.