Za izoflavone se kaže da imaju razne prednosti, ali imaju i neke nuspojave koje mogu smetati, pa čak i opasne za one koji uzimaju ovu tvar. Neke nuspojave izoflavona uglavnom utječu na žene, jer su trudnice i one koje su se borile protiv raka dojke obično najviše izložene riziku od negativnih učinaka. Na svaku ženu, međutim, mogu utjecati valovi vrućine i debljanje kada uzimaju izoflavone. Muškarci, s druge strane, mogu primijetiti smanjen libido, neplodnost i gubitak pamćenja dok uzimaju suplemente izoflavona. Ostale nuspojave izoflavona mogu utjecati i na žene i na muškarce, a proljev, alergije na hranu i glavobolje su neki od najčešćih problema.
Neke su nuspojave specifične za žene, jer izoflavoni mogu utjecati na hormonalnu ravnotežu u ženskom tijelu, što može dovesti do nekih negativnih posljedica. Na primjer, one koje imaju povijest raka dojke obično se ne ohrabruju od uzimanja izoflavona jer oni mogu stimulirati stanice raka dojke koje su već prisutne. Za izoflavone se također kaže da ometaju lijekove za liječenje raka dojke, ali žene bez povijesti ove vrste raka obično se smatraju sigurnima od ove moguće nuspojave. Dodatna zabrinutost je da bi izoflavoni mogli biti štetni za nerođenu bebu, kojoj je potrebna specifična ravnoteža hormona da bi se pravilno razvila u maternici, pa se trudnicama obično savjetuje da preskoče ovu vrstu suplementa. Svaka žena podložna je debljanju i valovima vrućine koji mogu doći s izoflavonima, pa se ženama savjetuje da osiguraju da moguće koristi nadmašuju moguće nuspojave.
Muškarci također mogu osjetiti neke nuspojave izoflavona koje žene možda neće dobiti, jer njih dvoje obično imaju različite hormonske ravnoteže. Jedna od najvećih nuspojava kod muškaraca je smanjen libido, jer povećani estrogen može dovesti do smanjenja razine testosterona, što također može rezultirati neplodnošću. Dodatne nuspojave za muškarce mogu uključivati umor, gubitak pamćenja i smanjene kognitivne funkcije. Mnoge studije pokazuju da žene ne doživljavaju ove nuspojave izoflavona, pa bi muškarci trebali to imati na umu prije uzimanja ove tvari na temelju pozitivnih recenzija žena.
Neke nuspojave izoflavona pogađaju i muškarce i žene. Neki ljudi dobiju zatvor dok uzimaju sojine izoflavone, dok drugi mogu imati proljev i želučane tegobe. Glavobolje i osjećaj vrtoglavice također su neki negativni učinci izoflavona. Također je moguće da ova tvar uzrokuje bubrežne kamence, alergije na hranu i probleme sa štitnjačom, pa se osobama koje odluče uzimati izoflavone savjetuje da pripaze na ove nuspojave.