Opasnosti od soje za muškarce rezultat su visoke razine ženskog hormona estrogena koji sadrži soja i proizvodi na bazi soje. Ponajprije, soja utječe na kvalitetu i koncentraciju muške sperme, osobito ako se uzima u velikim količinama ili ako je ispitanik bio izložen visokim razinama u maternici. Nedavna studija na Sveučilištu Harvard pokazala je da postoji određena korelacija između muškaraca s niskim brojem spermija i visokim unosom hrane od soje. Studija je otkrila da je prosječna koncentracija sperme od 80 do 120 milijuna po milimetru odraslog muškarca bila više nego prepolovljena kada je soja postala dio prehrane. Slučaj je uvjerljiviji u proučavanju pretilih muškaraca čija je razina sperme čak niža zbog svojstava masnog tkiva koja stvara estrogen.
Znanstvenici vjeruju da su izoflavoni (daidzein, genistein i glicitein) koji se nalaze u soji krivi za slabu koncentraciju spermija. Ovi izoflavoni djeluju kao estrogen i stoga inhibiraju proizvodnju sperme. Štoviše, profesorica Lynn Fraser s King’s College London također je izdala upozorenja o izolflavonskom genisteinu za koji se vjeruje da može doprinijeti neuspjehu sperme da oplodi jajnu stanicu. Međutim, ovi su nalazi utemeljeni na eksperimentima u epruvetama, a tijela industrije soje su se usprotivila da genistein koji se nalazi u proizvodima od soje drugačije reagira na čisti oblik izoflavona koji je korišten za provođenje istraživanja.
Soja se najviše nalazi u namirnicama kao što su soja, tofu, tempeh, tofu ili sojine kobasice, slanina, hamburgeri, sojino mlijeko, sir, jogurt, sladoled i orašasti plodovi. Međutim, soja i sojini derivati nalaze se u otprilike 70% svih namirnica i stoga smanjenje unosa može biti teško. Na primjer, pite od svinjetine, žitarice za doručak, majoneza i margarini, kobasice, lazanje, goveđi hamburgeri i pileći nuggets neke su od namirnica koje se oslanjaju na soju kao izvor jeftinih proteina. Lecitin, derivat soje, također je rasprostranjen u pekarskoj i konditorskoj industriji zbog svoje učinkovitosti kao emulgatora.
Treba napomenuti da je soja u velikoj mjeri glavni oslonac azijske prehrane i da u tim zemljama nisu pronađene značajne nuspojave. Međutim, korisno je imati na umu da se azijska prehrana od soje uglavnom temelji na fermentiranim proizvodima od soje, kao što su miso juha i tofu; smatra se da proces fermentacije uništava kemikalije koje se u gornjim pokusima smatraju štetnim.