Loša prehrana može imati značajan niz zdravstvenih učinaka, u rasponu od gubitka gustoće kostiju do povećanog rizika od srčanog i moždanog udara. Pripadnici nižih klasa posebno su izloženi riziku od loše prehrane, jer možda nemaju pristup hrani poput svježeg voća i povrća i cjelovitih žitarica, što otežava dobivanje pravilne prehrane. Moguće je konzumirati znatno iznad preporučene dnevne količine kalorija, a da još uvijek ne dobivate potrebne hranjive tvari, što je posebna briga u područjima u kojima se stanovništvo može u velikoj mjeri oslanjati na hranu s visokim udjelom masti i niskom nutritivnom vrijednosti.
Zdravstvene komplikacije loše prehrane uključuju fizičke bolesti, psihičke probleme i kognitivne probleme. Fizički, nedobivanje pravog asortimana hranjivih tvari može uzrokovati gubitak gustoće kostiju, visoki krvni tlak, visoki kolesterol i stanja poput gihta, bubrežnih kamenaca i žučnih kamenaca, gdje se mineralne naslage razvijaju zbog neravnoteže u prehrani. Bolesnici s lošom prehranom češće su pretili i mogu imati probleme poput karijesa, prijeloma i naprezanja mišića nego ljudi koji dobro jedu. Glad se također može povezati s pretilošću, jer pacijenti mogu žudjeti za hranjivim tvarima koje ne dobivaju svojom redovitom prehranom dok dobivaju na težini zbog visokog unosa kalorija.
Psihološki, loša prehrana ima vezu s depresijom i anksioznošću. Neki pacijenti imaju poremećaje hranjenja koji uzrokuju da se loše hrane i stvaraju kumulativni psihološki učinak, pri čemu povratne informacije od poremećaja hranjenja mogu uzrokovati depresiju i tjeskobu dok ih loša prehrana pogoršava. Poremećaji prehrane također mogu dovesti do teških fizioloških problema poput oštećenja jednjaka zbog povraćanja povezanog s bulimijom nervozom ili dugotrajnih srčanih komplikacija povezanih s anoreksijom nervozom.
Kognitivni učinci loše prehrane također su razlog za zabrinutost, osobito kod male djece. Bebe i djeca koja ne dobivaju odgovarajuću prehranu doživjet će kognitivna kašnjenja i mogu biti u nepovoljnijem položaju među svojim vršnjacima. Oni mogu imati poteškoća u stjecanju vještina i znanja, a mogu imati i neurološke probleme kao što su loša kontrola fine motorike ili poteškoće pri hodanju. U odraslih, ograničen pristup dobroj prehrani može biti povezan s gubitkom pamćenja i drugim kognitivnim komplikacijama. Ova šteta može biti trajna.
Loša prehrana također se može vidjeti u vezi s nizom kroničnih bolesti, poput dijabetesa. Bolesnici se mogu razboljeti jer ne dobivaju dovoljno hranjivih tvari ili se bolest može pogoršati jer se bolesnik slabo hrani. Loše prehrambene navike također mogu produžiti vrijeme oporavka od akutnih bolesti, operacija i ozljeda. Pacijenti s prijelomima, na primjer, zacjeljuju brže i ravnomjernije kada dobivaju dovoljno kalcija i drugih hranjivih tvari koje su njihovim tijelima potrebne za obnovu kosti.