Neliječena gonoreja može dovesti do ozbiljnih medicinskih komplikacija za muškarce i žene, uključujući sterilitet. Što je slučaj gonoreje u bolesnika uznapredovao, veća je vjerojatnost da će pacijent doživjeti značajne komplikacije. Budući da gonoreja ne uzrokuje uvijek simptome, preporučljivo je da seksualno aktivne osobe redovito prolaze pregled na spolno prenosive infekcije (STI) kako bi se rano identificirale infekcije poput gonoreje, kako bi se mogle liječiti prije nego što izazovu ozbiljne probleme. Tijek antibiotika obično je dovoljan da ubije organizme koji uzrokuju ovu infekciju.
Jedan od najčešćih rezultata neliječene gonoreje kod žena je stanje koje se naziva zdjelična upalna bolest, uzrokovana kroničnom, raširenom upalom struktura u zdjelici. Ovo stanje može uzrokovati bolnu menstruaciju, pobačaj, neplodnost i izvanmaterničnu trudnoću, gdje se oplođeno jajašce implantira u jajovod umjesto u maternicu. Muškarci mogu doživjeti sličnu upalu prostate, uretre i drugih struktura oko genitalija.
Također je moguće da gonoreja putuje tijelom u krvotoku. Pacijenti mogu doživjeti rijetko stanje zvano perihepatitis, gdje se vrećica oko jetre upali. Oni također mogu razviti diseminiranu gonokoknu infekciju (DGI), također poznatu kao gonokokni artritis, gdje se infekcija širi na strukture poput zglobova, srca i mozga. Ova stanja mogu uzrokovati potencijalno smrtonosne komplikacije za pacijenta.
Bolesnici s neliječenom gonorejom također su pod povećanim rizikom od infekcije virusom humane imunodeficijencije (HIV). Organizmi također mogu zaraziti oko, uzrokujući konjunktivitis i druge probleme. Kod trudnica je moguće da se bebe zaraze gonorejom tijekom poroda. To može dovesti do sljepoće i rizika od DGI kod dojenčeta. Profilaktička njega može se pružiti tijekom poroda i porođaja kako bi se smanjio rizik od prenošenja gonoreje na dijete.
Jednom kada se pojave komplikacije od neliječene gonoreje, može biti mnogo teže liječiti. Dok antibiotici mogu ubiti organizme u tijelu, štetu uzrokovanu upalom i infekcijom nije tako lako popraviti. Pacijenti mogu imati kronične zdravstvene probleme uključujući neplodnost. Biti proaktivan u pogledu seksualnog zdravlja može uvelike smanjiti rizik od razvoja trajnih medicinskih komplikacija od neliječene gonoreje, tako što se infekcija uhvati prije nego što se ukaže prilika za širenje. Praksa sigurnijeg seksa također će pomoći u ograničavanju šanse za dobivanje spolno prenosivih infekcija. Ovo je važno, jer se sve SPI ne mogu liječiti tako lako kao gonoreja.