Postoje i prednosti i nedostaci elektroničke medicinske dokumentacije, iako mnogi tvrde da su pozitivni aspekti veći od negativnih. Iako je ulaganje u ovu vrstu sustava isprva skupo, većina tvrdi da će s vremenom taj trošak rezultirati većom uštedom i za medicinske stručnjake i za zdravstveno osiguranje. Također je potrebno mnogo vremena da se papirnati zapisi pretvore u elektroničke, ali te je zapise mnogo lakše pratiti i pretraživati nakon što se to završi. Međutim, svi koji koriste ove zapise moraju koristiti kompatibilne sustave ili se nijedna informacija ne može dijeliti.
Čuvanje medicinske dokumentacije u elektroničkom obliku može uštedjeti mnogo prostora. Umjesto pohranjivanja ogromnih papirnatih kartoteka o pacijentima, svi zapisi su digitalni i pohranjeni na tvrdim diskovima i/ili u vanjskim podatkovnim centrima. To predstavlja mali postotak prostora potrebnog za pohranu fizičkih zapisa. Osim toga, iako ne čine ured u potpunosti bez papira, elektronički zapisi smanjuju količinu papira koja je potrebna medicinskim uredima, bolnicama i osiguravajućim društvima.
Još jedna prednost elektroničke medicinske dokumentacije je mogućnost da svi članovi zdravstvenog tima koordiniraju brigu o pacijentima. To pomaže u izbjegavanju nepotrebnih ponovljenih testova, sprječava propisivanje lijekova koji bi mogli imati lošu interakciju i omogućuje svakome u medicinskom timu da razumije pristupe koji se poduzimaju u liječenju stanja. Osoba sa složenim zdravstvenim problemima može posjetiti nekoliko stručnjaka i lako se može zbuniti preklapanjem ili suprotnim savjetima. Kada specijalisti i liječnici primarne zdravstvene zaštite koriste isti sustav, tada bi svi u timu trebali biti svjesni svih postupaka i preporuka ostalih članova tima.
Elektronički zapisi također mogu uštedjeti vrijeme. Dok su se zapisi u prošlosti mogli slati faksom ili e-poštom, u mnogim slučajevima općenito se čekalo. Kada zdravstveni djelatnik ima trenutni pristup svim informacijama o pacijentu, uključujući stvari kao što su rendgenske snimke, laboratorijske pretrage i informacije o receptima ili alergijama, on ili ona imaju ovlaštenje da djeluju odmah. To može biti osobito korisno u hitnim situacijama kada pacijent ne može odgovoriti na pitanja o svojoj povijesti bolesti zbog ekstremne bolesti ili ozljede.
Mnogi zdravstveni djelatnici imaju rukopis koji je možda teško čitati, a iako je ovo generalizacija, nejasno pisanje može dovesti do pogrešaka. Manja je vjerojatnost da će upisane informacije stvoriti zabunu. Međutim, elektronička medicinska dokumentacija ne isključuje povremene pogreške u kucanju koje također mogu imati ozbiljne posljedice. Naravno, netko također mora unijeti sve pacijentove stare podatke u sustav, što može potrajati značajno vrijeme i može dodati još pogrešaka u evidenciju. Liječnik će možda morati odvojiti dodatno vrijeme iz svog zauzetog rasporeda kako bi pregledao ove podatke.
Zapravo, jedna zabrinutost u vezi s korištenjem elektroničkih medicinskih kartona je da medicinski stručnjaci mogu imati značajnu krivulju učenja kada se ti programi prvi put koriste. Lošem daktilografu može trebati dosta vremena da unese nove informacije. Liječnici često moraju biti sami sebi medicinski službenici, posebno tijekom posjeta uredu, a onaj koji je ometen zbunjujućom tehnologijom možda neće biti toliko oprezan na pacijentove simptome ili potrebe.
U većini mjesta ne postoji jedinstven izvor ili sustav za elektroničku medicinsku dokumentaciju, tako da različite bolnice i pojedinačni kliničari ne koriste isti program. Time se briše prednost trenutnih informacija za sve u medicinskom timu, budući da se jedan program možda neće spojiti s drugim.
Neki pacijenti izražavaju zabrinutost da bi digitalni zapisi mogli biti hakirani i iskorištavani od strane drugih. Budući da je jedno od prvih razmatranja medicinskog tretmana povjerljivost, može ostati zabrinuto koliko bi ljudi moglo imati pristup svim medicinskim kartonima neke osobe. Zloupotreba privatnih medicinskih podataka mogla bi stvoriti probleme onima koji imaju stanja koja žele zadržati privatnim.
Unatoč tim zabrinutostima, mnogi medicinski stručnjaci i bolnice sada pokušavaju pretvoriti svoje zapise u elektronički oblik. Međutim, ostaje nejasno koliko će vremena trebati da se ažuriraju stari dosjei s dugom medicinskom poviješću. Također nije jasno kada će i hoće li biti moguće da različiti sustavi međusobno komuniciraju.