Prednosti i nedostaci Atkinsove prehrane uključuju njezin unos ugljikohidrata i masti, uglavnom to što je nizak sadržaj ugljikohidrata za, a visok udio zasićenih masti je nedostatak. Velike količine porcija koje su dopuštene na dijeti mogu se smatrati dobrim jer osobe na dijeti vjerojatno neće osjećati glad, ali nedostatak je što će se vjerojatno konzumirati višak proteina. Brzi početni gubitak težine smatra se pro, ali nedostatak vlakana čini se kao nedostatak.
Dijeta s malo ugljikohidrata, kao što je Atkinsov plan, obično smanjuje mnoge prethodne izvore masti i kalorija u prehrani osoba s prekomjernom tjelesnom težinom, tako da se gubitak težine obično doživljava od samog početka. Ipak, uz ovu prednost u Atkinsovoj dijeti, prednosti i nedostatke, često dolazi i nedostatak što se gubi samo “težina vode”, tako da možda neće ostati isključena. Sa profesionalne strane, dijabetičari bi mogli postići bolju kontrolu šećera jer je regulacija inzulina u tijelu lakša na dijeti s niskim udjelom ugljikohidrata. S druge strane, dijabetičari i drugi koji su skloni zatvoru mogu biti još gori jer je jesti dovoljno vlakana često teško za mnoge ljude na Atkinsovoj dijeti. Budući da izvori bjelančevina kao što je meso nisu ograničeni, osobe na dijeti mogu odabrati drugu porciju hrane bogate proteinima umjesto da u svoj obrok uključe odgovarajuće količine povrća bogatog vlaknima.
Kako se ugljikohidrati trebaju izbjegavati što je više moguće prema Atkinsovom planu, izvori vlakana od cjelovitih žitarica također nisu navedeni. Kako bi nadomjestili nedostatak žitarica, Atkinsovi dijeta obično konzumiraju više proteinske hrane kao što su meso i sirevi jer porcije nisu ograničene. Visoka količina proteinske hrane iz životinjskih izvora obično znači obilje zasićenih masti što je povezano s lošim zdravljem srca, a može utjecati i na stanje bubrega. S druge strane, budući da su ugljikohidrati obeshrabreni, Atkinsovi dijeta ne konzumiraju veliku količinu kalorija i masti iz “prazne” ili “smeće” hrane kao što su pomfrit i kolačići. Ostale prednosti i nedostatke Atkinsove dijete tiču se pitanja hranjivih tvari.
Ako ljudi koji su na dijeti Atkins jedu velike porcije proteina i manje količine povrća, kao i vrlo ograničenu hranu od cjelovitih žitarica, vjerojatan je nedostatak esencijalnih hranjivih tvari. Mnogi liječnici i nutricionisti savjetuju da uzimanje multivitamina nije dobra zamjena za dobivanje hrane iz izvora hrane. Prednosti i nedostaci Atkinsove prehrane često uključuju više nego dovoljno proteina, željeza i kalcija, ali nedovoljnu količinu mnogih drugih vitamina i minerala potrebnih za dobro zdravlje.