Postoji nekoliko glavnih prednosti i nedostataka primjene antibiotika za stafilokokne infekcije, koje mogu varirati u težini i povodljivosti. Glavne prednosti uključuju učinkovito liječenje i sigurnost, a glavni nedostaci su potencijalne bakterije rezistentne na antibiotike, kao što je meticilin rezistentni Staphylococcus aureus (MRSA), kao i nuspojave antibiotika. Pojedinci bi se trebali posavjetovati sa svojim liječnicima prije početka bilo kakvog liječenja infekcije stafilokokom.
Mnogi antibiotici protiv stafilokoka korišteni su za uspješno liječenje infekcija. Za manje infekcije stafilokokom, kao što su infekcije kože, propisuje se jednostavna krema koja sadrži tri glavna antibiotika. Teže infekcije zahtijevat će intravenske (IV) antibiotike za liječenje stafilokoka. Neki oblici stafilokoka otporni su na antibiotike, ali ovaj tijek liječenja bio je nevjerojatno učinkovit za određene sojeve kod kojih drugi tretmani nisu uspjeli. Antibiotici za stafilokok su dobri za zaustavljanje rasta infekcije prije nego što se ukaže prilika da se proširi ili postane teža.
Jedan od glavnih nedostataka liječenja antibioticima za stafilokoknu infekciju je sve veći broj bakterija otpornih na antibiotike. Iako je penicilin bio najčešći lijek za stafilokoknu infekciju, od 1980-ih bakterije pokazuju sve veću otpornost na ovaj antibiotik, zbog čega su bili potrebni jači lijekovi. Otprilike 50% stafilokoknih infekcija sada je otporno na standardne antibiotike koji se koriste u liječenju. Široka upotreba antibiotika u društvu općenito, ne samo u liječenju infekcije stafilokokom, dovela je do ovog velikog porasta bakterija rezistentnih na antibiotike.
MRSA infekcije također su nedostatak korištenja antibiotika za stafilokok, jer ne reagiraju na ovu metodu liječenja. Glavni antibiotici, kao što su penicilin, oksacilin, amoksicilin, meticilin i vanomicin, ne liječe MRSA infekciju. Kao rezultat toga, potrebni su mnogo jači antibiotici za liječenje ovih teških infekcija, što bi moglo dovesti do povećanih nuspojava kod pacijenata.
Nuspojave antibiotika još su jedan nedostatak ove metode liječenja stafilokokne infekcije. Mučnina, povraćanje, proljev i želučane tegobe neke su od uobičajenih nuspojava antibiotika za stafilokok. Neki pacijenti također mogu doživjeti teške alergijske reakcije na liječenje antibioticima, uključujući koprivnjaču, svrbež, vrtoglavicu i nesvjesticu, otežano disanje ili razvoj bijelih mrlja na jeziku. Nekoliko antibiotika ne može se kombinirati s drugim lijekovima, kao što su hormonske kontracepcijske pilule, niti se mogu koristiti tijekom trudnoće ili tijekom konzumiranja alkohola. Ove kontraindikacije mogu predstavljati zdravstvene rizike koji odvraćaju određene pacijente od uzimanja antibiotika dok imaju infekciju stafilokokom.