Prednosti i nedostaci genetski modificiranih papaja predmet su rasprave. U cjelini, genetski modificirana hrana obično je otporna na određene insekte i druge infestacije. Nedostaci su prvenstveno povezani s činjenicom da ove namirnice nisu dugoročno dokazano sigurne, pa postoje neke ekološke skupine i zdravstvene organizacije koje vjeruju da bi genetski modificirana hrana mogla biti štetna za ljudsko zdravlje kada se konzumira u velikim količinama.
Genetski modificirane papaje razvijene su da budu otporne na virus prstenaste pjegavosti papaje, koji može biti razoran za usjeve biljke. Razvijeni su i u vrijeme pisanja ovog teksta dostupni su u raznim zemljama. Još uvijek postoji više nacija koje nisu skočile na vagon, ali dužnosnici u industriji pokušavaju odrediti koje korake treba poduzeti kako bi bili dostupniji. Mnoge zemlje u kojima su genetski modificirane papaje prvi put prodane su industrijalizirane, a zemlje u razvoju su među onima koje zaostaju.
Vodi se žestoka rasprava o proizvodnji i distribuciji genetski modificiranih papaja i druge hrane. S jedne strane, sposobnost uzgoja više usjeva bez straha od virusa i drugih patogena koji uništavaju biljke znači da se ukupno može uzgajati više hrane. Više uzgojene hrane znači da ima više za obići. Ovo je važan aspekt rasprave, budući da svjetska populacija raste, a konvencionalni usjevi možda neće biti dovoljno plodni da bi prehranili sve u nedogled.
U malim razmjerima, manji gubitak usjeva znači da poljoprivrednici mogu zaraditi više novca za uzdržavanje vlastitih obitelji kroz prodaju usjeva. To je vrlo važno za uzgajivače koji se možda suočavaju s financijskim poteškoćama zbog raširenih gubitaka usjeva. Što se tiče papaje, virus ringspot papaje može biti vrlo razoran i može uništiti cijele usjeve.
Primarna mana korištenja genetski modificiranih papaja i druge proizvedene hrane je ta što se dugoročno nije pokazalo sigurnim. Neke zdravstvene organizacije tvrde da su rizici po ljudsko zdravlje veliki, te da bi svu genetski promijenjenu hranu trebalo zabraniti na policama supermarketa. Drugi tvrde da su jednako sigurni i zdravi kao i konvencionalnije uzgojene kulture. Istina se možda neće znati još neko vrijeme.