Korištenje homeopatskih lijekova ima prednosti i nedostatke koji se razlikuju ovisno o prirodi bolesti i načinu liječenja. Glavne prednosti homeopatskih lijekova uključuju prirodne sastojke, ograničene nuspojave i mogućnost njihove uporabe u kombinaciji s drugim lijekovima. Nedostaci homeopatskih lijekova uključuju potencijalnu neučinkovitost, potencijalno štetne učinke i nedostatak stroge regulative od strane industrijskih organizacija.
Mnogi se pojedinci odlučuju za liječenje homeopatskim lijekovima jer se sastoje od prirodnih sastojaka. Upotreba bilja, začina i vitamina iz prirodnih izvora općenito se smatra vrlo sigurnom za tijelo. Ovi lijekovi dostupni su trudnicama i djeci kada konvencionalna medicina nije sigurna. Zbog svog prirodnog izvora, većina homeopatskih lijekova također ima manje nuspojava od konvencionalnih lijekova. Nuspojave povezane s homeopatskim ili prirodnim lijekovima općenito nisu tako ozbiljne ili intenzivne kao one povezane sa sintetičkim lijekovima.
Blaže nuspojave i korištenje prirodnih sastojaka znači da se homeopatski lijekovi obično mogu koristiti s konvencionalnim lijekovima bez dodatnih štetnih učinaka. Dok sintetički lijekovi često mogu utjecati jedni na druge unutar tijela, homeopatski lijekovi djeluju u skladu kako bi promicali cjelokupno zdravlje imunološkog sustava. Neki pojedinci također biraju istovremeno provoditi i homeopatsko i konvencionalno liječenje kako bi maksimalno iskoristili prednosti obje opcije.
Potencijalna neučinkovitost i štetne nuspojave dva su glavna nedostatka homeopatskog lijeka. Prirodni lijekovi ne djeluju uvijek, što bi moglo biti problem za pojedince koji su odabrali homeopatske tretmane u odnosu na konvencionalne lijekove koji su dokazano učinkoviti. Budući da su homeopatski lijekovi mnogo dostupniji, neki pojedinci pokušavaju se samoliječiti bez prethodnog savjetovanja sa zdravstvenim djelatnicima. To bi moglo dovesti do štetnih nuspojava ako se liječenje nepravilno koristi.
Možda je najveći nedostatak homeopatskih lijekova nedostatak stroge regulative. Lijekovi proizvedeni u laboratoriju moraju proći rigorozno testiranje prije nego što budu odobreni i pušteni u javnost, ali većina homeopatskih lijekova nije testirana niti procijenjena u kliničkim ispitivanjima. U Sjedinjenim Državama, na primjer, odobrenje ovih prirodnih tretmana od strane Uprave za hranu i lijekove (FDA) zahtijeva samo izjavu proizvođača podnesenu 90 dana prije nego što se dodatak pusti javnosti u kojem se navodi da je dodatak siguran, kao dokaz sigurni proizvodni procesi, što znači da se ne dodaju kontaminanti i da se nikakvi dodaci ne pohranjuju na nesiguran način. To potrošačima otežava dobivanje informacija o tome jesu li tretmani sigurni ili ne, te sadrže li ili ne sastojke koji su navedeni na boci. Mnogi dobavljači su iskreni u pogledu sigurnosti svojih tretmana, ali potrošači neće uvijek moći shvatiti koje su tvrtke najuglednije, što bi odabir pravog homeopatskog dodatka moglo učiniti teškim zadatkom.